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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a8n | ||||||
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タイトル | Biochemical and Structural Studies of A-to-I Editing by tRNA:A34 Deaminases at the Wobble Position of Transfer RNA | ||||||
要素 | cytidine and deoxycytidylate deaminase | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA Editing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Elias, Y. / Huang, R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Biochemical and Structural Studies of A-to-I Editing by tRNA:A34 Deaminases at the Wobble Position of Transfer RNA 著者: Elias, Y. / Huang, R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a8n.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a8n.ent.gz | 49.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a8n_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a8n_full_validation.pdf.gz | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a8n_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a8n_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15711.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: codA / プラスミド: PLM1-TadA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UHJ4, UniProt: A9CK16*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9794, 0.9792, 0.9686 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月7日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 33215 / Num. obs: 31216 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
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拘束条件 |
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