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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a8i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Taspase1 | ||||||
![]() | Threonine aspartase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Taspase1 / Asparaginase / Glycosylspaginse / MLL / THREONINE ASPARTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / asparaginase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / beta-aspartyl-peptidase activity / protein maturation / threonine-type endopeptidase activity / epigenetic regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / asparaginase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / beta-aspartyl-peptidase activity / protein maturation / threonine-type endopeptidase activity / epigenetic regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khan, J.A. / Dunn, B.M. / Tong, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Taspase1, a Crucial Protease Regulating the Function of MLL. 著者: Khan, J.A. / Dunn, B.M. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 385.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44841.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q9H6P5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月17日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 109787 / Num. obs: 109787 / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.6584 Å2 / ksol: 0.382589 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→26.43 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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