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万見
- PDB-2a8f: beta-cinnamomin after sterol removal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a8f
タイトルbeta-cinnamomin after sterol removal
要素Beta-elicitin cinnamomin
キーワードTOXIN / elicitin / sterol carrier protein / phytophthora / phytopathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / symbiont-mediated killing of host cell / lipid transport / steroid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-elicitin cinnamomin
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora cinnamomi (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Rodrigues, M.L. / Archer, M. / Martel, P. / Miranda, S. / Thomaz, M. / Enguita, F.J. / Baptista, R.P. / Melo, E.P. / Sousa, N. / Cravador, A. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the free and sterol-bound forms of beta-cinnamomin
著者: Rodrigues, M.L. / Archer, M. / Martel, P. / Miranda, S. / Thomaz, M. / Enguita, F.J. / Baptista, R.P. / Melo, E.P. / Sousa, N. / Cravador, A. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of beta-cinnamomin, a protein toxic to some plant species.
著者: Rodrigues, M.L. / Archer, M. / Martel, P. / Jacquet, A. / Cravador, A. / Carrondo, M.A.
#2: ジャーナル: DNA Seq. / 年: 1998
タイトル: Identification of an elicitin gene cluster in Phytophthora cinnamomi.
著者: Duclos, J. / Fauconnier, A. / Coelho, A.C. / Bollen, A. / Cravador, A. / Godfroid, E.
履歴
登録2005年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-elicitin cinnamomin
B: Beta-elicitin cinnamomin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6002
ポリマ－20,6002
非ポリマー00
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.048, 58.048, 106.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-251-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-elicitin cinnamomin


分子量: 10299.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora cinnamomi (真核生物)
遺伝子: CIN1B / プラスミド: pIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168 / 参照: UniProt: P15569
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Hepes buffer, MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50.99 Å / Num. all: 39554 / Num. obs: 39554 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LJP

1ljp


解像度: 1.35→50.99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.192 1962 RANDOM
Rwork0.138 --
all0.141 39554 -
obs0.141 39554 -
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→50.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 359 1847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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