+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a8e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Three-dimensional structure of Bacillus subtilis Q45498 putative protein at resolution 2.5A. Northeast Structural Genomics Consortium target SR204. | ||||||
要素 | hypothetical protein yktB | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / Q45498 / yktB / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function UPF0637 / : / Protein of unknown function (DUF1054) / Protein of unknown function DUF1054 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UPF0637 protein YktB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Su, M. / Yong, W. / Vorobiev, S. / Acton, T. / Xiao, R. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Cunningham, K.E. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Yong, W. / Vorobiev, S. / Acton, T. / Xiao, R. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Cunningham, K.E. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Three-dimensional structure of Bacillus subtilis Q45498 putative protein at resolution 2.5A. Northeast Structural Genomics Consortium target SR204. 著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Yong, W. / Vorobiev, S. / Acton, T. / Xiao, R. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Cunningham, K.E. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a8e.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2a8e.ent.gz | 43.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a8e_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2a8e_full_validation.pdf.gz | 454.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a8e_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a8e_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a8e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26002.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yktB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q45498 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% PEG 4000, 0.2M Li(2)So(4), 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97922 / 波長: 0.97922 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 34753 / % possible obs: 77.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.45 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / % possible all: 78.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 625832.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.0893 Å2 / ksol: 0.330621 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.1 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.79 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|