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- PDB-2a87: Crystal Structure of M. tuberculosis Thioredoxin reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a87
タイトルCrystal Structure of M. tuberculosis Thioredoxin reductase
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin reductase / TrxR / FAD / NAP / NMA / TLS / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell redox homeostasis / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / NADPH binding / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / response to hypoxia / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Thioredoxin reductase / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Akif, M. / Suhre, K. / Verma, C. / Mande, S.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Conformational flexibility of Mycobacterium tuberculosis thioredoxin reductase: crystal structure and normal-mode analysis.
著者: Akif, M. / Suhre, K. / Verma, C. / Mande, S.C.
履歴
登録2005年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN FAD 348 and NAP 381 are associated with protein chain A FAD 448 and NAP 481 are ...HETEROGEN FAD 348 and NAP 381 are associated with protein chain A FAD 448 and NAP 481 are associated with protein chain B

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4748
ポリマ－71,3682
非ポリマー3,1076
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.4, 107.4, 118.2
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ALAALAGLYGLYAA10 - 32210 - 322
2ARGARGHISHISBB15 - 31815 - 318
詳細Space group: P41212; Biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase / TRXR / TR


分子量: 35683.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: trxB / プラスミド: pET23(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P52214, UniProt: P9WHH1*PLUS, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 3350, Sodium phosphate citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.927 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月25日
放射モノクロメーター: parabolic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14186 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 14.8 / Num. unique all: 1368 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0016精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TDE

1tde


解像度: 3→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 48.839 / SU ML: 0.421 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29066 707 5 %RANDOM
Rwork0.21132 ---
obs0.21508 13357 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.802 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4592 0 204 16 4812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214889
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.996677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0133.0037619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92122.429210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.76115716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1141553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.23756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22845
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3470.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.86353860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.55751278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.22174843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.176102115
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.589201834
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1745tight positional0.050.05
1991loose positional0.795
1745tight thermal0.080.5
1991loose thermal3.8110
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 68 -
Rwork0.358 945 -
obs-945 97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3484-0.5633-0.40943.8856-0.13147.01960.11060.828-0.0708-0.63530.23311.0821-0.2423-1.7992-0.34380.1072-0.0173-0.28410.50960.35290.0848-7.1720.7635.9
25.0328-1.19092.74993.2067-0.42034.52790.1604-1.7189-1.36140.61260.66120.68471.0737-1.7566-0.8216-0.0131-0.36560.06490.23090.5377-0.1066-7.1720.7635.9
33.6061-1.1913-1.75455.50011.20379.6532-0.09430.3587-0.67570.0010.5038-0.77551.70641.6477-0.40960.2002-0.06690.1304-0.2083-0.19470.132422.5226.3110.18
43.5341-0.77810.60454.19290.14884.65740.12270.9684-0.0117-1.17230.2064-0.95720.16291.1041-0.32910.0006-0.08640.2467-0.1315-0.219-0.135222.5226.3110.18
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA126 - 250126 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2AA10 - 12510 - 125
3X-RAY DIFFRACTION2AA251 - 322251 - 322
4X-RAY DIFFRACTION3BB126 - 250126 - 250
5X-RAY DIFFRACTION4BB15 - 12515 - 125
6X-RAY DIFFRACTION4BB251 - 318251 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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