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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a6q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YefM-YoeB complex | ||||||
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![]() | TOXIN INHIBITOR/TOXIN / YoeB / YefM / toxin / antitoxin / addiction modules / RNase / inhibitor / TOXIN INHIBITOR-TOXIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() global gene silencing by mRNA cleavage / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / toxic substance binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism ...global gene silencing by mRNA cleavage / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / toxic substance binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / response to heat / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kamada, K. / Hanaoka, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Change in the Catalytic Site of the Ribonuclease YoeB Toxin by YefM Antitoxin 著者: Kamada, K. / Hanaoka, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | two complexes of YoeB-YefM2 hetero-trimers in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9610.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10233.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Tris-HCl, NaCl, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 数: 104941 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 0.565 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.7 / 冗長度: 2.9 %
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.03→44.28 Å / Num. all: 38671 / Num. obs: 38636 / % possible obs: 99.38 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Χ2: 0.565 / Net I/σ(I): 27.86 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Num. measured obs: 10499 / Num. unique all: 3278 / Χ2: 0.433 / % possible all: 84.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.3 Å / D res low: 44.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set site |
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