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万見
- PDB-2a66: Human Liver Receptor Homologue DNA-Binding Domain (hLRH-1 DBD) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a66
タイトルHuman Liver Receptor Homologue DNA-Binding Domain (hLRH-1 DBD) in Complex with dsDNA from the hCYP7A1 Promoter
要素
  • 5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
  • Orphan nuclear receptor NR5A2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / nuclear receptor / protein-DNA complex / zinc finger / DNA-binding domain / transcription factor / Ftz-F1 / C-terminal extension / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / homeostatic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway ...Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / homeostatic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Solomon, I.H. / Hager, J.M. / Safi, R. / McDonnell, D.P. / Redinbo, M.R. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Human LRH-1 DBD-DNA Complex Reveals Ftz-F1 Domain Positioning is Required for Receptor Activity.
著者: Solomon, I.H. / Hager, J.M. / Safi, R. / McDonnell, D.P. / Redinbo, M.R. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7256
ポリマ－20,5353
非ポリマー1903
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.770, 40.770, 104.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3'


分子量: 3687.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: synthesized oligonucleotide based on CYP7A1 gene promoter
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*C)-3'


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: synthesized oligonucleotide based on CYP7A1 gene promoter
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Orphan nuclear receptor NR5A2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / Hepatocytic transcription factor / B1-binding factor / ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / Hepatocytic transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A1 promoter binding factor


分子量: 13209.390 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 79-187, NR C4-type / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / プラスミド: pMALCH10T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O00482

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非ポリマー , 3種, 89分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6
詳細: magnesium acetate, ammonium acetate, sodium cacodylate, PEG 8000, glycerol, sodium azide, hexaamine cobalt (III) trichloride, pH 6.0, hanging drop, temperature 295K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 8687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.461 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.491
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å22.24 Å
Translation3 Å22.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 1CIT

1cit


解像度: 2.2→22.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 275996.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 648 7.7 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 8437 96.9 %-
all-8687 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.0581 Å2 / ksol: 0.3609 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.668 Å20 Å20 Å2
2---0.668 Å20 Å2
3---1.337 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数750 486 6 86 1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 98 7.6 %
Rwork0.224 577 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAMCNS_TOPPAR:DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAMCNS_TOPPAR:ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACT.PARACT.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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