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- PDB-2a5w: Crystal structure of the oxidized gamma-subunit of the dissimilat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5w
タイトルCrystal structure of the oxidized gamma-subunit of the dissimilatory sulfite reductase (DsrC) from Archaeoglobus fulgidus
要素sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
キーワードOXIDOREDUCTASE / orthogonal helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur carrier activity / tRNA wobble position uridine thiolation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich ...DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (DsvC)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mander, G.J. / Weiss, M.S. / Hedderich, R. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Warkentin, E.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of the gamma-subunit of a dissimilatory sulfite reductase: Fixed and flexible C-terminal arms.
著者: Mander, G.J. / Weiss, M.S. / Hedderich, R. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Warkentin, E.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
B: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
C: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8807
ポリマ－40,4963
非ポリマー3844
水3,351186
1
A: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6913
ポリマ－13,4991
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6913
ポリマ－13,4991
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4991
ポリマ－13,4991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
C: sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1894
ポリマ－26,9972
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.22, 64.80, 129.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 sulfite reductase, desulfoviridin-type subunit gamma (dsvC)


分子量: 13498.659 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: DsrC / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28055
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000, Mes/KOH, (NH4)2 SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 24295 / Num. obs: 24295 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2005 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SAU

1sau


解像度: 2.1→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.877 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The authors state that the SSBOND between CYS 77 and CYS 85 is partially split, i.e., in only about 50% of all the instances there is a bond and none for the remainder.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23062 1165 4.8 %RANDOM
Rwork0.20223 ---
all0.2036 23085 --
obs0.20363 23085 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 20 186 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.9913962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26723.913138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1115530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9661521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21933
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7351.51803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11422799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78731328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8334.51163
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 72 -
Rwork0.202 1303 -
obs-1303 76.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29340.63710.34061.63550.64342.14590.05050.1158-0.0990.06620.0664-0.22480.12170.0012-0.1169-0.07840.0128-0.0307-0.0328-0.0342-0.012466.0905-10.494742.7372
21.89230.40320.11071.9536-0.2131.23620.10820.1286-0.02930.01630.0006-0.0204-0.0491-0.0584-0.1088-0.07860.00810.0235-0.02450.0147-0.04747.84378.925147.456
33.2847-1.1041-0.66982.5798-0.33222.89790.28910.10480.2604-0.5498-0.1366-0.07260.0944-0.2363-0.15250.06310.07040.0443-0.09070.0424-0.110839.09432.983157.0129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1152 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1152 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1152 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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