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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5h
タイトル2.1 Angstrom X-ray crystal structure of lysine-2,3-aminomutase from Clostridium subterminale SB4, with Michaelis analog (L-alpha-lysine external aldimine form of pyridoxal-5'-phosphate).
要素L-lysine 2,3-aminomutase
キーワードISOMERASE / radical sam / four-iron-four-sulfur cluster / 4Fe4S / FS4 / SAM / S-adenosylmethionine / alpha-beta channel / pyridoxal-5'-phosphate / external aldimine / Michaelis analog
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine 2,3-aminomutase / L-lysine 2,3-aminomutase activity / L-lysine catabolic process to acetate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1170 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Lysine-2,3-aminomutase/glutamate 2,3-aminomutase / Lysine-2,3-aminomutase / Lysine-2,3-aminomutase, C-terminal domain / Lysine-2,3-aminomutase / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM ...Helix Hairpins - #1170 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Lysine-2,3-aminomutase/glutamate 2,3-aminomutase / Lysine-2,3-aminomutase / Lysine-2,3-aminomutase, C-terminal domain / Lysine-2,3-aminomutase / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / L-lysine 2,3-aminomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium subterminale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lepore, B.W. / Ruzicka, F.J. / Frey, P.A. / Ringe, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The X-ray crystal structure of lysine-2,3-aminomutase from Clostridium subterminale.
著者: Lepore, B.W. / Ruzicka, F.J. / Frey, P.A. / Ringe, D.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 7ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY: -------------------------- 90 ATOMS WERE NOT SUFFICIENTLY ORDERED IN THE ...ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY: -------------------------- 90 ATOMS WERE NOT SUFFICIENTLY ORDERED IN THE CRYSTAL TO CONTRIBUTE SIGNIFICANTLY TO THE FOURIER MAP. THESE ATOMS WERE SET TO ZERO OCCUPANCY AND HAD THEIR B-EQ'S AND ANISOU EIGENVALUES SET TO ZERO. TABLE OF ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY: ----------------------------------- +-----------------------------------------------------+ | RESIDUE | CHAIN | RESID | ATOMS | |-----------|---------|------ |-----------------------| | LYSINE | A/ /C/ | 10 | CG, CD,CE AND NZ | | GLUTAMATE | A/B/ / | 33 | CD, OE1 AND OE2 | | LYSINE | A/B/C/D | 42 | CD, CE AND NZ | | GLUTAMATE | A/B/C/ | 43 | CG, CD, OE1 AND OE2 | | GLUTAMATE | A/B/C/D | 46 | CD, OE1 AND OE2 | | GLUTAMATE | A/ /C/D | 148 | CD, OE1 AND OE2. | | GLUTAMATE | A/B/C/D | 239 | CD, OE1 AND OE2. | | LYSINE | A/B/C/D | 385 | CD, CE, AND NZ. | | GLUTAMATE | A/B/ /D | 408 | OE1 AND OE2. | +-----------------------------------------------------+
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 417 B 1 .. 417 ? M 2 A 1 .. 417 C 1 .. 417 ? M 3 A 1 .. 417 D 1 .. 417 ? WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK:

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lysine 2,3-aminomutase
B: L-lysine 2,3-aminomutase
C: L-lysine 2,3-aminomutase
D: L-lysine 2,3-aminomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,76328
ポリマ－190,5404
非ポリマー5,22424
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32280 Å2
ΔGint-474 kcal/mol
Surface area52150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.890, 92.926, 177.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D
171A
181B
191C
201D
211A
221B
231C
241D
251A
261B
271C
281D
291A
301B
311C
321D
331A
341B
351C
361D
371A
381B
391C
401D
411A
421B
431C
441D
451A
461B
471C
481D
491A
501B
511C
521D
531A
541B
551C
561D
571A
581B
591C
601D
611A
621B
631C
641D
651A
661B
671C
681D
691A
701B
711C
721D
731A
741B
751C
761D
771A
781B
791C
801D
811A
821B
831C
841D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPHEPHE1AA3 - 93 - 9
21ASNASNPHEPHE1BB3 - 93 - 9
31ASNASNPHEPHE1CC3 - 93 - 9
41ASNASNPHEPHE1DD3 - 93 - 9
52LYSLYSLYSLYS3AA1010
62LYSLYSLYSLYS3BB1010
72LYSLYSLYSLYS3CC1010
82LYSLYSLYSLYS3DD1010
93ASPASPTHRTHR1AA11 - 3011 - 30
103ASPASPTHRTHR1BB11 - 3011 - 30
113ASPASPTHRTHR1CC11 - 3011 - 30
123ASPASPTHRTHR1DD11 - 3011 - 30
134VALVALVALVAL3AA3131
144VALVALVALVAL3BB3131
154VALVALVALVAL3CC3131
164VALVALVALVAL3DD3131
175GLUGLUGLUGLU1AA3232
185GLUGLUGLUGLU1BB3232
195GLUGLUGLUGLU1CC3232
205GLUGLUGLUGLU1DD3232
216GLUGLUGLUGLU3AA3333
226GLUGLUGLUGLU3BB3333
236GLUGLUGLUGLU3CC3333
246GLUGLUGLUGLU3DD3333
257LEULEUTHRTHR1AA34 - 4134 - 41
267LEULEUTHRTHR1BB34 - 4134 - 41
277LEULEUTHRTHR1CC34 - 4134 - 41
287LEULEUTHRTHR1DD34 - 4134 - 41
298LYSLYSGLUGLU3AA42 - 4342 - 43
308LYSLYSGLUGLU3BB42 - 4342 - 43
318LYSLYSGLUGLU3CC42 - 4342 - 43
328LYSLYSGLUGLU3DD42 - 4342 - 43
339GLUGLUGLUGLU1AA44 - 4544 - 45
349GLUGLUGLUGLU1BB44 - 4544 - 45
359GLUGLUGLUGLU1CC44 - 4544 - 45
369GLUGLUGLUGLU1DD44 - 4544 - 45
3710GLUGLUGLUGLU3AA4646
3810GLUGLUGLUGLU3BB4646
3910GLUGLUGLUGLU3CC4646
4010GLUGLUGLUGLU3DD4646
4111GLYGLYMSEMSE1AA47 - 14747 - 147
4211GLYGLYMSEMSE1BB47 - 14747 - 147
4311GLYGLYMSEMSE1CC47 - 14747 - 147
4411GLYGLYMSEMSE1DD47 - 14747 - 147
4512GLUGLUGLUGLU3AA148148
4612GLUGLUGLUGLU3BB148148
4712GLUGLUGLUGLU3CC148148
4812GLUGLUGLUGLU3DD148148
4913ARGARGTHRTHR1AA149 - 238149 - 238
5013ARGARGTHRTHR1BB149 - 238149 - 238
5113ARGARGTHRTHR1CC149 - 238149 - 238
5213ARGARGTHRTHR1DD149 - 238149 - 238
5314GLUGLUGLUGLU3AA239239
5414GLUGLUGLUGLU3BB239239
5514GLUGLUGLUGLU3CC239239
5614GLUGLUGLUGLU3DD239239
5715GLUGLULYSLYS1AA240 - 384240 - 384
5815GLUGLULYSLYS1BB240 - 384240 - 384
5915GLUGLULYSLYS1CC240 - 384240 - 384
6015GLUGLULYSLYS1DD240 - 384240 - 384
6116LYSLYSLYSLYS3AA385385
6216LYSLYSLYSLYS3BB385385
6316LYSLYSLYSLYS3CC385385
6416LYSLYSLYSLYS3DD385385
6517VALVALLEULEU1AA386 - 407386 - 407
6617VALVALLEULEU1BB386 - 407386 - 407
6717VALVALLEULEU1CC386 - 407386 - 407
6817VALVALLEULEU1DD386 - 407386 - 407
6918GLUGLUGLUGLU3AA408408
7018GLUGLUGLUGLU3BB408408
7118GLUGLUGLUGLU3CC408408
7218GLUGLUGLUGLU3DD408408
7319ARGARGLYSLYS1AA409 - 411409 - 411
7419ARGARGARGARG1BB409 - 412409 - 412
7519ARGARGLYSLYS1CC409 - 411409 - 411
7619ARGARGARGARG1DD409 - 412409 - 412
7720PLPPLPLYSLYS1AI - H419 - 420
7820PLPPLPLYSLYS1BO - N419 - 420
7920PLPPLPLYSLYS1CU - T419 - 420
8020PLPPLPLYSLYS1DAA - Z419 - 420
8121SAMSAMSF4SF41AG - J417 - 418
8221SAMSAMSF4SF41BM - P417 - 418
8321SAMSAMSF4SF41CS - V417 - 418
8421SAMSAMSF4SF41DY - BA417 - 418

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8655, 0.09092, 0.49258), (0.09126, -0.93831, 0.33353), (0.49252, 0.33363, 0.80382)-21.66147, 29.14558, 0.50866
2given(0.86148, 0.00258, -0.50778), (-6.0E-5, -0.99999, -0.00519), (-0.50779, 0.0045, -0.86147)-25.32914, 12.64268, -93.10329
3given(-0.99547, -0.09351, 0.01705), (-0.09376, 0.93656, -0.33773), (0.01562, -0.3378, -0.94109)-44.17323, -16.50383, -82.41089
詳細asymmetric unit contains the tetrameric biologically relevant assembly. considering chain A, we construct the asymmetric unit from the following symmetry operators: chain A <-> A (identity) rotation matrix: 1 0 0 0 1 0 0 0 1 translation: 0 0 0 chain A <-> B rotation matrix -0.86550 0.09092 0.49258 0.09126 -0.93831 0.33353 0.49252 0.33363 0.80382 translation: -21.66147 29.14558 0.50866 chain A <-> C rotation matrix: 0.86148 0.00258 -0.50778 -0.00006 -0.99999 -0.00519 -0.50779 0.00450 -0.86147 translation: -25.32914 12.64268 -93.10329 chain A <-> D -0.99547 -0.09351 0.01705 -0.09376 0.93656 -0.33773 0.01562 -0.33780 -0.94109 translation: -44.17323 -16.50383 -82.41089

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lysine 2,3-aminomutase


分子量: 47634.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium subterminale (バクテリア)
遺伝子: KamA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL-X
参照: GenBank: 5410603, UniProt: Q9XBQ8*PLUS, lysine 2,3-aminomutase

-
非ポリマー , 7種, 632分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6753.88
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
3001蒸気拡散法, シッティングドロップ法8sodium N-2-hydroxy-ethylpiperazine-N'--3-propage sulfonic acid (EPPS, or HEPPS), sodium malonaate, L-alpha-lysine, dithiothreitol, polyethylene glycol 200, polyethylene glycol 8000, s-adenosylmethionine, iron-II-sulfate, , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
3002蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8sodium N-2-hydroxy-ethylpiperazine-N'--3-propage sulfonic acid (EPPS, or HEPPS), sodium malonaate, L-alpha-lysine, dithiothreitol, polyethylene glycol 200, polyethylene glycol 8000, s-adenosylmethionine, iron-II-sulfate, , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.9742
シンクロトロンAPS 17-ID20.9792
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2003年4月9日monochromator with Si (111) crystal
ADSC QUANTUM 42CCD2003年3月28日monochromator with Si(111) double-crystal
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97421
20.97921
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 83957 / Num. obs: 83957 / % possible obs: 81.53 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CBASS/OPTIX (AT X25)データ収集
MXデータ削減
JBluIce-EPICSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.228 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22485 7437 8.1 %RANDOM
Rwork0.18396 ---
obs0.18732 83957 81.53 %-
all-83957 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-1.71 Å2
2--3.3 Å20 Å2
3----4.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12990 0 264 608 13862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0862.01218806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1851642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99323.059608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.343152342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.77415135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.22088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.26617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.29124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3820.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3930.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.58460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.861213493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63535902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3624.55073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3274tight positional0.050.05
2B3274tight positional0.060.05
3C3274tight positional0.060.05
4D3274tight positional0.060.05
1A20loose positional0.365
2B20loose positional0.335
3C20loose positional0.225
4D20loose positional0.285
1A3274tight thermal0.170.5
2B3274tight thermal0.170.5
3C3274tight thermal0.180.5
4D3274tight thermal0.160.5
1A20loose thermal0.910
2B20loose thermal1.6710
3C20loose thermal1.610
4D20loose thermal0.7810
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 690 -
Rwork0.25 7986 -
obs--53.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21250.03570.01620.74680.13362.80390.0672-0.35540.0280.1091-0.0177-0.0513-0.13220.3226-0.0495-0.1241-0.022-0.024-0.0799-0.0176-0.1753-16.702510.6572-21.5786
21.1763-0.0290.00310.75370.12692.31270.03870.1028-0.0911-0.06070.0341-0.00780.104-0.1444-0.0728-0.1785-0.0142-0.006-0.2806-0.0126-0.1781-28.83472.2011-65.9553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA - E3 - 4213
2X-RAY DIFFRACTION1BB - G3 - 4213
3X-RAY DIFFRACTION2CC - I3 - 4213
4X-RAY DIFFRACTION2DD - K3 - 4213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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