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- PDB-2a59: Structure of 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Schizos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a59
タイトルStructure of 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Schizosaccharomyces pombe mutant W27Y with bound ligand 5-nitroso-6-ribitylamino-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / 6 / 7-Dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Schizosaccharomyces pombe / mutant W27Y / LUSY / 5-nitroso-6-ribitylamino-2 / 4(1H / 3H)-pyrimidinedione
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin synthase activity / riboflavin binding / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LMZ / PHOSPHATE ION / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koch, M. / Breithaupt, C. / Gerhardt, S. / Haase, I. / Weber, S. / Cushman, M. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of charge transfer complex formation by riboflavin bound to 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
著者: Koch, M. / Breithaupt, C. / Gerhardt, S. / Haase, I. / Weber, S. / Cushman, M. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,84515
ポリマ－85,9195
非ポリマー1,92610
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15740 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.150, 144.810, 127.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細the biological assembly is the pentamer found in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain


分子量: 17183.756 Da / 分子数: 5 / 変異: W27Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: rib4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UUB1, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-LMZ / 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE / RNOP


分子量: 290.230 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium citrate, ammonium dihydrogen phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 28707 / Num. obs: 28707 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.026 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1393 4.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.191 28707 --
obs0.191 28599 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 32.822 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 44.287 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.038 Å20 Å20 Å2
2--1.395 Å20 Å2
3----4.432 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5545 0 125 58 5728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2no.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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