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万見
- PDB-2a4x: Crystal Structure Of Mitomycin C-Binding Protein Complexed with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4x
タイトルCrystal Structure Of Mitomycin C-Binding Protein Complexed with Metal-Free Bleomycin A2
要素Mitomycin-Binding Protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / alfa/beta protein / Mitomycin C-binding protein / Bleomycin A2 / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BLEOMYCIN A2 / Mitomycin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces caespitosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Danshiitsoodol, N. / de Pinho, C.A. / Matoba, Y. / Kumagai, T. / Sugiyama, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Mitomycin C (MMC)-binding Protein from MMC-producing Microorganisms Protects from the Lethal Effect of Bleomycin: Crystallographic Analysis to Elucidate the Binding Mode of the Antibiotic to the Protein
著者: Danshiitsoodol, N. / de Pinho, C.A. / Matoba, Y. / Kumagai, T. / Sugiyama, M.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitomycin-Binding Protein
B: Mitomycin-Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3493
ポリマ－30,9332
非ポリマー1,4171
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.248, 52.405, 107.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitomycin-Binding Protein


分子量: 15466.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア)
遺伝子: mrd / プラスミド: pET-mrd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O05205*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BLM / BLEOMYCIN A2 / N1-[3-(DIMETHYLSULFONIO)-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE


分子量: 1416.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H85N17O21S3 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHICH DERIVES FROM STREPTOMYCES CAESPITOSUS DOES NOT ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHICH DERIVES FROM STREPTOMYCES CAESPITOSUS DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE 8 C-TERMINAL RESIDUES WERE HIS TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG8000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→200 Å / Num. all: 57018 / Num. obs: 52971 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 52.7
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4107 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2348 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 47057 88.1 %-
all-47057 --
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 29 293 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 306 5.1 %
Rwork0.292 5686 -
obs-6120 68.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramtophcsdx.pro.top
X-RAY DIFFRACTION2bleo-5.paramtoph19.pep.top
X-RAY DIFFRACTION3bm2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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