+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a4d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the human ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 (UEV-1) | ||||||
![]() | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 | ||||||
![]() | LIGASE / Alternative splicing / Nuclear protein / Ubl conjugation pathway / UBIQUITIN / UBIQUITIN- CONJUGATING ENZYME / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / postreplication repair / positive regulation of intracellular signal transduction / protein K63-linked ubiquitination / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation ...: / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / postreplication repair / positive regulation of intracellular signal transduction / protein K63-linked ubiquitination / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Aggrephagy / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell differentiation / regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A human ubiquitin conjugating enzyme (E2)-HECT E3 ligase structure-function screen. 著者: Sheng, Y. / Hong, J.H. / Doherty, R. / Srikumar, T. / Shloush, J. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Neculai, D. / Wan, J.W. / Kim, S.K. / Arrowsmith, C.H. / Raught, B. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1y6lC ![]() 1yh2C ![]() 1yrvC ![]() 1zdnC ![]() 1zuoC ![]() 2a7lC ![]() 2awfC ![]() 2f4wC ![]() 2ob4C ![]() 2qgxC ![]() 2z5dC ![]() 3bzhC ![]() 3cegC ![]() 1j7dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||
詳細 | The biological unit is a monomer. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18027.576 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues 82-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 32% PEG1500, 0.2 M NaCl, 1 mM DTT, 0.1 M Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→30 Å / Num. obs: 13994 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 44 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1J7D 解像度: 1.69→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.764 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.28 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
|