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万見
- PDB-2a2y: NMR Structue of Sso10b2 from Sulfolobus solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2y
タイトルNMR Structue of Sso10b2 from Sulfolobus solfataricus
要素DNA/RNA-binding protein Alba 2
キーワードDNA / RNA Binding Protein / hyperthermophile protein / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / chromosome / double-stranded DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Alba / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA-binding protein Alba 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / Simulated annealing using cartesian, torsion angle dynamics.
データ登録者Biyani, K. / Kahsai, M.A. / Clark, A.T. / Armstrong, T.L. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure, stability, and nucleic Acid binding of the hyperthermophile protein sso10b2.
著者: Biyani, K. / Kahsai, M.A. / Clark, A.T. / Armstrong, T.L. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W.
履歴
登録2005年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA-binding protein Alba 2
B: DNA/RNA-binding protein Alba 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5122
ポリマ－20,5122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 10010 structures with the lowest total energy including restraint terms
代表モデルモデル #1model 1 is a restrained energy minimized average structure. models 2 through 11 are the 10 best ensemble structures.

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要素

#1: タンパク質 DNA/RNA-binding protein Alba 2


分子量: 10255.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: albA2 / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaBlue(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZF4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
131HNHA
143T1 T1rho HSQC
1532D 1H-15N NOE
16412C-filtered C13-edited NOESY
175IPAP HSQC
NMR実験の詳細Text: model 1 is an energy minimized average structure. models 2 through 11 are the 10 best ensemble structures.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Sso10b2, U-15N, U-13C, pH 4.8, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM Sso10b2, U-15N, U-13C, pH 4.8, 99.996% D2O99.996% D2O
31 mM Sso10b2, U-15N, pH 4.8, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
4hetero-labeled dimer consisting of 0.5 mM Sso10b2 U-15N, U-13C, 0.5 mM Sso10b2 unlabled pH 5.0, 99.996% D2O99.996% D2O
51 mM Sso10b2, U-15N, pH 4.8, 90% H2O, 10% D2O with alignment media consisting of 5% C12E5/hexanol (r=.87)90% H2O, 10%D2O with alignment media consisting of 5% C12E5/hexanol (r=.87)
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4.8 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian, Inc.collection
NMRPipe2004F. Delaglio解析
NMRView5.2.2B. Johnsonデータ解析
ARIA1.2M. Nilges構造決定
TENSOR22M. Blackledgeデータ解析
Xplor-NIH2.9.7G.M. Clore精密化
精密化手法: Simulated annealing using cartesian, torsion angle dynamics.
ソフトェア番号: 1
詳細: NOE assignments, distance restraint calibrations, and initial structures were made using ARIA 1.2. Final structure refinement was done using Xplor-NIH with the NOE derived distance ...詳細: NOE assignments, distance restraint calibrations, and initial structures were made using ARIA 1.2. Final structure refinement was done using Xplor-NIH with the NOE derived distance restraints, 126 phi/psi dihedral angles, 48 HNHA coupling constants, 33 hydrogen bonds, 80 dipolar couplings, 57 T1/T2 relaxation ratios, and non-crystallographic dimer symmetry restraints (numbers are per monomer). Anisotropy tensors were refined simultaneously with the structure.
代表構造選択基準: model 1 is a restrained energy minimized average structure. models 2 through 11 are the 10 best ensemble structures.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 structures with the lowest total energy including restraint terms
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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