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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a0t | ||||||
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タイトル | NMR structure of the FHA1 domain of Rad53 in complex with a biological relevant phosphopeptide derived from Madt1 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / FHA domain. Rad53 / Mdt1 / phosphothreonine / phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mRNA stability involved in response to oxidative stress / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / meiotic recombination checkpoint signaling / post-mRNA release spliceosomal complex / nuclear mRNA surveillance / dual-specificity kinase / poly(A)+ mRNA export from nucleus / telomere maintenance in response to DNA damage / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA damage checkpoint ...regulation of mRNA stability involved in response to oxidative stress / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / meiotic recombination checkpoint signaling / post-mRNA release spliceosomal complex / nuclear mRNA surveillance / dual-specificity kinase / poly(A)+ mRNA export from nucleus / telomere maintenance in response to DNA damage / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication initiation / regulation of DNA repair / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein localization / protein tyrosine kinase activity / protein kinase activity / ribonucleoprotein complex / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Mahajan, A. / Yuan, C. / Pike, B.L. / Heierhorst, J. / Chang, C.-F. / Tsai, M.-D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005 タイトル: FHA Domain-Ligand Interactions: Importance of Integrating Chemical and Biological Approaches 著者: Mahajan, A. / Yuan, C. / Pike, B.L. / Heierhorst, J. / Chang, C.-F. / Tsai, M.-D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Solution structures of two FHA1-phosphothreonine peptide complexes provide insight into the structural basis of the ligand specificity of FHA1 from yeast Rad53 著者: Yuan, C. / Yongkiettrakul, S. / Byeon, I.-J.L. / Zhou, S. / Tsai, M.-D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a0t.cif.gz | 1005.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a0t.ent.gz | 868.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a0t_validation.pdf.gz | 357.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a0t_full_validation.pdf.gz | 614.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a0t_validation.xml.gz | 86.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a0t_validation.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17093.490 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal FHA domain (FHA1) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPK1 or Rad53 / プラスミド: pGEX-4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22216, EC: 2.7.1.37 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1246.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Saccharomyces cerevisiae (yeast) 参照: UniProt: P34217 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 10 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, and 1 mM EDTA pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The complex structures are generated using a total of 2524 NMR constraints including constraints in this PDB file and constraints of free FHA1 in PDB access code 1K3J | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average, lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |