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万見
- PDB-2a0s: Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase (PTPS) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a0s
タイトルCrystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase (PTPS) from Plasmodium vivax at 2.2 A resolution
要素6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
キーワードLYASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / SGPP / Structural GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / PTPS / Plasmodium / vivax / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOPTERIN / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase (PTPS) from Plasmodium vivax at 2.2 A resolution
著者: Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2005年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN ZN 281 AND BIO 282 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A ZN 381 AND BIO 382 ARE ASSOCIATED ...HETEROGEN ZN 281 AND BIO 282 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A ZN 381 AND BIO 382 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN B
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein is available at PlasmoDB with id Pv_3878.phat_30.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5916
ポリマ－41,9862
非ポリマー6054
水3,351186
1
A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,77318
ポリマ－125,9576
非ポリマー1,81612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19660 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area36940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.095, 132.095, 74.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 18 - 180 / Label seq-ID: 18 - 180

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase


分子量: 20992.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: MAL6P1.148 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3)
参照: UniProt: A5K2B2, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BIO / BIOPTERIN / ビオプテリン


分子量: 237.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18% w/v PEG4000, 0.05 M Sodium Acetate pH 4.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21321 / % possible obs: 91.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.75 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.319 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2120 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 62.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Y13

1y13


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.533 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24575 1152 5.1 %RANDOM
Rwork0.20838 ---
all0.21023 ---
obs0.21023 21321 91.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 36 186 2874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9051.9653831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1965342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93524.483145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39815513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.8681517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.21920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0890.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0880.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34262732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10161264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.835101094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
661tight positional0.010.05
689medium positional0.160.5
661tight thermal0.010.5
689medium thermal0.12
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.319 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 114 -
Rwork0.267 2120 -
obs--62.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.429 Å / Origin y: -19.237 Å / Origin z: 0.227 Å
111213212223313233
T-0.0288 Å20.0041 Å20.0127 Å2--0.0411 Å2-0.0011 Å2---0.0356 Å2
L1.8975 °21.6004 °21.0025 °2-1.4749 °20.5848 °2--1.0733 °2
S0.0647 Å °0.0267 Å °-0.1291 Å °0.0948 Å °-0.0026 Å °-0.0777 Å °0.0049 Å °0.0798 Å °-0.062 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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