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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 274d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A COVALENT DNA-DRUG ADDUCT: ANTHRAMYCIN BOUND TO C-C-A-A-C-G-T-T-G-G, AND A MOLECULAR EXPLANATION OF SPECIFICITY | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | ANTHRAMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Kopka, M.L. / Goodsell, D.S. / Baikalov, I. / Grzeskowiak, K. / Cascio, D. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a covalent DNA-drug adduct: anthramycin bound to C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and a molecular explanation of specificity. 著者: Kopka, M.L. / Goodsell, D.S. / Baikalov, I. / Grzeskowiak, K. / Cascio, D. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 393.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 1212 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.0638 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 1212 / Rfactor obs: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.26 Å2 |