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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 267d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL STUDIES ON NUCLEIC ACIDS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DISTAMYCIN A / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Partridge, B.L. / Salisbury, S.A. | 引用 | #1: ジャーナル: Thesis, University of Cambridge / 年: 1996 タイトル: Structural Studies on Nucleic Acids 著者: Partridge, B.L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 267d.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb267d.ent.gz | 17.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 267d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 267d_validation.pdf.gz | 596.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 267d_full_validation.pdf.gz | 627.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 267d_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 267d_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/267d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/267d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-DMY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % | ||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.1 / 詳細: pH 7.10 | ||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月13日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34.3 Å / Num. obs: 10301 / Rmerge(I) obs: 0.0742 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 最高解像度: 2 Å / σ(F): 4 詳細: STANDARD R-FACTOR = 15.6% ERROR R-FACTOR = 5.5% WEIGHTED R-FACTOR = 13.7% NUMBER OF REFLECTIONS INCLUDED = 10301 AVERAGE |FO-FC| DISCREPANCY = 20.38 AVERAGE WEIGHTED |FO-FC| DISCREPANCY = 0. ...詳細: STANDARD R-FACTOR = 15.6% ERROR R-FACTOR = 5.5% WEIGHTED R-FACTOR = 13.7% NUMBER OF REFLECTIONS INCLUDED = 10301 AVERAGE |FO-FC| DISCREPANCY = 20.38 AVERAGE WEIGHTED |FO-FC| DISCREPANCY = 0.10 CORRELATION COEFFICIENT = 99.2% RESOLUTION BREAKDOWN "ALL" R FACTOR = 14.7%
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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