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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 259l | ||||||
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タイトル | AN ADAPTABLE METAL-BINDING SITE ENGINEERED INTO T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / METAL BINDING / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wray, J.W. / Baase, W.A. / Ostheimer, G.J. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site. 著者: Wray, J.W. / Baase, W.A. / Ostheimer, G.J. / Zhang, X.J. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structure of a Stabilizing Disulfide Bridge Mutant that Closes the Active-Site Cleft of T4 Lysozyme 著者: Jacobson, R.H. / Matsumura, M. / Faber, H.R. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Control of Enzyme Activity by an Engineered Disulfide Bond 著者: Matsumura, M. / Matthews, B.W. #3: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18702.449 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,T21H,T142H / 由来タイプ: 組換発現 詳細: T4 LYSOZYME MUTANT WITH CYS 54 REPLACED BY THR, CYS 97 REPLACED BY ALA, THR 21 REPLACED BY HIS, THR 142 REPLACED BY HIS 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato 解説: BACTERIOPHAGE T4 (MUTANT GENE DERIVED FROM THE M13 PLASMID BY CLONING THE T4 LYSOZYME GENE) 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GENE E FROM BACTERIOPHAGE T4 / プラスミド: PHS1403 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | STRUCTURE OF A T4 LYSOZYME MUTANT WITH AN ENGINEERED METAL BINDING SITE. THIS MUTANT DESIGNATED ...STRUCTURE OF A T4 LYSOZYME MUTANT WITH AN ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % / 解説: STARTING MODEL WAS CYS-FREE WILDTYPE LYSOZYME | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年3月16日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER/GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→20 Å / Num. obs: 15465 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.031 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABENET SCALING / Bsol: 766 Å2 / ksol: 1 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor all: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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