PDB-255d: CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA DOUBLE HELIX INCORPORATING A TRACK OF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 255d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA DOUBLE HELIX INCORPORATING A TRACK OF NON-WATSON-CRICK BASE PAIRS

要素

RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / A-RNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Holbrook, S.R. / Cheong, C. / Tinoco Jr, I. / Kim, S.-H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of an RNA double helix incorporating a track of non-Watson-Crick base pairs.
著者: Holbrook, S.R. / Cheong, C. / Tinoco Jr., I. / Kim, S.H.

履歴

登録	1993年12月21日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	255d.cif.gz	17.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb255d.ent.gz	9.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	255d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/55/255d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/55/255d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1al5-d 363d-1 363d-2 2r22-d 2lg2-d 2r21-d 2m11-d 2lg0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
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リボスイッチ (Riboswitches)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

3.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

登録者が定義した集合体
7.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.280, 32.280, 36.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-39- HOH
2	1	A-58- HOH

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPAPCPUPUPCPGPGPUPCPC)-3') 分子量: 3804.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50, VAPOR DIFFUSION

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	PEG 400	1	1
3	NA CITRATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	BIS-TRIS-PROPANE	1	1
6	WATER	1	2
7	PEG 400	1	2
8	NA CITRATE	1	2
9	MGCL2	1	2
10	BIS-TRIS-PROPANE	1	2

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: 回転陽極
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Num. obs: 2280

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2→8 Å / σ(F): 1 /

	R_factor	反射数	%反射
obs	0.164	2082	83.9 %

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	255	0	47	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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