[日本語] English
万見
- PDB-1al5: A-TRACT RNA DODECAMER, NMR, 12 STRUCTURES -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1al5
タイトルA-TRACT RNA DODECAMER, NMR, 12 STRUCTURES
要素RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA / RNA DUPLEX / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DIRECT REFINEMENT, RMD
データ登録者Conte, M.R. / Conn, G.L. / Brown, T. / Lane, A.N.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1997
タイトル: Conformational properties and thermodynamics of the RNA duplex r(CGCAAAUUUGCG)2: comparison with the DNA analogue d(CGCAAATTTGCG)2.
著者: Conte, M.R. / Conn, G.L. / Brown, T. / Lane, A.N.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1996
タイトル: Hydration of the RNA Duplex R(Cgcaaauuugcg)2 Determined by NMR
著者: Conte, M.R. / Conn, G.L. / Brown, T. / Lane, A.N.
履歴
登録1997年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / pdbx_database_status ...ndb_struct_na_base_pair / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _ndb_struct_na_base_pair.opening / _pdbx_database_status.process_site ..._ndb_struct_na_base_pair.opening / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.42021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6252
ポリマ－7,6252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1170 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area4610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 40MINIMAL RESTRAINT VIOLATIONS, LOW ENERGY, GOOD STEREOCHEMISTRY
代表モデル

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*G)-3') / A-TRACT RNA


分子量: 3812.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131H-INADEQUATE
14131P

-
試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMBrukerAM4001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002
Varian UNITYVarianUNITY6003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
DiscoverBIOSYMstructure calculation
NUCFITLanestructure calculation
精密化手法: DIRECT REFINEMENT, RMD / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE REFERENCES FOR DETAILS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMAL RESTRAINT VIOLATIONS, LOW ENERGY, GOOD STEREOCHEMISTRY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 12

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る