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万見
- PDB-244d: THE HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A PARALLEL-STRANDED GUAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 244d
タイトルTHE HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A PARALLEL-STRANDED GUANINE TETRAPLEX
要素DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / UNUSUAL DNA / QUADRUPLE HELIX / PARALLEL-STRANDED TETRAPLEX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Laughlan, G. / Murchie, A.I.H. / Norman, D.G. / Moore, M.H. / Moody, P.C.E. / Lilley, D.M.J. / Luisi, B.
引用ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The high-resolution crystal structure of a parallel-stranded guanine tetraplex.
著者: Laughlan, G. / Murchie, A.I. / Norman, D.G. / Moore, M.H. / Moody, P.C. / Lilley, D.M. / Luisi, B.
履歴
登録1995年10月19日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,76739
ポリマ－30,08416
非ポリマー68323
水9,260514
1
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,81313
ポリマ－7,5214
非ポリマー2929
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5907
ポリマ－7,5214
非ポリマー693
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6539
ポリマ－7,5214
非ポリマー1325
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,71010
ポリマ－7,5214
非ポリマー1896
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.760, 35.470, 56.770
Angle α, β, γ (deg.)74.39, 77.64, 89.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4CACL211
5NACL11
6SPERMINE11
7WATER12
8MPD12
9NA CACODYLATE12
10CACL212
11SPERMINE12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMNa cacodylate-HCl1drop
212 mM1dropCaCl2
36 mMspermine1drop
4130-180 mM1dropNaCl
55 %(v/v)MPD1drop
61 mMTG4T1drop
7120 mMsodium cacodylate-HCl1reservoir
870 mM1reservoirCaCl2
9700-1000 mM1reservoirNaCl
1032 %MPD1reservoir
111

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.2 Å / Num. obs: 65264 / % possible obs: 76.9 %
反射
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 3.16 Å / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 211674 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.29 Å / % possible obs: 95.5 % / Num. unique obs: 13162 / Num. measured obs: 24851 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX-93精密化
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
精密化解像度: 1.2→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 --
obs0.124 65264 97.7 %
all-65264 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1916 23 514 2453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_deg / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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