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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 224d | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA-DRUG REFINEMENT: A COMPARISON OF THE PROGRAMS NUCLSQ, PROLSQ, SHELXL93 AND X-PLOR, USING THE LOW TEMPERATURE D(TGATCA)-NOGALAMYCIN STRUCTURE | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | NOGALAMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Schuerman, G.S. / Smith, C.K. / Turkenburg, J.P. / Dettmar, A.N. / Van Meervelt, L. / Moore, M.H. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: DNA-drug refinement: a comparison of the programs NUCLSQ, PROLSQ, SHELXL93 and X-PLOR, using the low-temperature d(TGATCA)-nogalamycin structure. 著者: Schuerman, G.S. / Smith, C.K. / Turkenburg, J.P. / Dettmar, A.N. / Van Meervelt, L. / Moore, M.H. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: DNA-Nogalamycin Interactions: The Crystal Structure of d(TGATCA) Complexed with Nogalamycin 著者: Smith, C.K. / Davies, G.J. / Dodson, E.J. / Moore, M.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 224d.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb224d.ent.gz | 13.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 224d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 224d_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 224d_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 224d_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 224d_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/24/224d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/24/224d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9852 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.47 Å / Num. unique obs: 1466 / Num. measured obs: 4641 / Rmerge(I) obs: 0.213 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.4→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d |