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- PDB-1zzi: Crystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzi
タイトルCrystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in complex with ssDNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-ssDNA COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / podosome / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome ...regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / podosome / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / HCMV Late Events / cell projection / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ROK, N-terminal / ROKNT (NUC014) domain / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain ...ROK, N-terminal / ROKNT (NUC014) domain / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Backe, P.H. / Messias, A.C. / Ravelli, R.B. / Sattler, M. / Cusack, S.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: X-Ray Crystallographic and NMR Studies of the Third KH Domain of hnRNP K in Complex with Single-Stranded Nucleic Acids
著者: Backe, P.H. / Messias, A.C. / Ravelli, R.B. / Sattler, M. / Cusack, S.
履歴
登録2005年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2304
ポリマ－21,2304
非ポリマー00
水2,450136
1
C: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6152
ポリマ－10,6152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6152
ポリマ－10,6152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.590, 52.590, 104.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細Asymmetric unit contains two KH3-ssDNA complexes (chains A+C and B+D) with approximately 2-fold NCS

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 1705.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K / hnRNP K / Transformation up-regulated nuclear protein / TUNP


分子量: 8910.091 Da / 分子数: 2 / Fragment: KH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61978
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, TRIS HCl, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2PEG 400011
3TRIS HCl11
4H2O11
5MgCl212
6PEG 400012
7H2O13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月2日
放射モノクロメーター: Khozu dual crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.3 Å / Num. all: 15859 / Num. obs: 15859 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.41 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24041 795 5 %RANDOM
Rwork0.19458 ---
all0.19685 15825 --
obs0.19685 15030 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20.44 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.147 Å0.152 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1235 209 0 136 1580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8942.1472041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09625.92654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09815243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.933156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0711.5815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74221293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7683764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7934.5748
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 57 -
Rwork0.243 866 -
obs--80.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7683-0.0852.85451.9498-0.423513.07010.1452-0.1007-0.2148-0.0017-0.03290.08720.5184-0.3394-0.1123-0.16960.0086-0.0125-0.17530.0186-0.117857.972539.554621.0852
22.6045-0.15950.74312.8772.36545.35140.0645-0.0550.1095-0.163-0.22210.1032-0.163-0.28750.1576-0.13680.0421-0.008-0.1809-0.009-0.144941.982239.8017-0.9654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC8 - 891 - 82
2X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 61 - 6
3X-RAY DIFFRACTION2BD11 - 894 - 82
4X-RAY DIFFRACTION2DB2 - 62 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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