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- PDB-1zzf: The DNA-bound solution structure of HPV-16 E2 DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzf
タイトルThe DNA-bound solution structure of HPV-16 E2 DNA-binding domain
要素Regulatory protein E2
キーワードTRANSCRIPTION / dna-protein complex / papillomavirus transcription factor / dimeric beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain ...Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法溶液NMR / refinement by restrained molecular dynamics
データ登録者Eliseo, T. / Nadra, A.D. / De Prat-Gay, G. / Paci, M. / Cicero, O.D.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The DNA-bound solution structure of HPV-16 E2 DNA-binding domain
著者: Eliseo, T. / Nadra, A.D. / De Prat-Gay, G. / Paci, M. / Cicero, O.D.
履歴
登録2005年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein E2
B: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7982
ポリマ－18,7982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein E2 / HPV-16 E2 transcription factor


分子量: 9398.914 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 16 / 遺伝子: E2 / プラスミド: ptz18U-E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P03120

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1DNA-E2C complex (15N) 0.6mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM95% H20, 5% D2O
2DNA-E2C complex (15N, 13C) 0.6mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM95% H20, 5% D2O
3DNA-E2C complex (15N) 0.2mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM, Philamentosus phage 17mg/ml95% H20, 5% D2O
試料状態イオン強度: 250 mM NaCl / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR3collection
NMRPipe解析
NMRViewデータ解析
X-PLOR精密化
精密化手法: refinement by restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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