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- PDB-1zu4: Crystal structure of FtsY from Mycoplasma mycoides- space group P21212 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zu4
タイトルCrystal structure of FtsY from Mycoplasma mycoides- space group P21212
要素ftsY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTPase / FtsY / signal recognition particle / SRP / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma mycoides (牛肺疫菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gariani, T. / Samuelsson, T. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / : 2006
タイトル: Conformational variability of the GTPase domain of the signal recognition particle receptor FtsY
著者: Gariani, T. / Samuelsson, T. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2005年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ftsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2312
ポリマ-36,1351
非ポリマー961
4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.735, 101.129, 42.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1253-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ftsY / SRP receptor FtsY


分子量: 36134.586 Da / 分子数: 1 / 断片: NG domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplasma mycoides (牛肺疫菌) / プラスミド: pet9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 1929401, UniProt: Q6MTB9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium sulfate, potassium tartrate, Magnesium Chloride, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.8 Å / Num. all: 22061 / Num. obs: 22061 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.321 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FTS
解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 5.601 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26429 2062 10 %RANDOM
Rwork0.20728 ---
all0.213 20702 --
obs0.21302 18640 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 5 252 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.9773275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5415303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.97426.321106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5615489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.332157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21732
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4560.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4271.51553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84322432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0333969
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5544.5843
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 145 -
Rwork0.284 1323 -
obs--91.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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