[日本語] English
万見
- PDB-4wy9: Crystal structure of the periplasmic sensory domain of the Campyl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wy9
タイトルCrystal structure of the periplasmic sensory domain of the Campylobacter jejuni chemoreceptor Tlp1
要素Putative MCP-type signal transduction protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Campylobacter jejuni / chemotaxis / transducer-like proteins / methyl-accepting proteins / sensory domain
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MCP-type signal transduction protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Machuca, M.A. / Liu, Y.C.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP1094619 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of the tandem-PAS sensing domain of Campylobacter jejuni chemoreceptor Tlp1 suggests indirect mechanism of ligand recognition.
著者: Machuca, M.A. / Liu, Y.C. / Beckham, S.A. / Gunzburg, M.J. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative MCP-type signal transduction protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3383
ポリマ－33,2431
非ポリマー942
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.260, 43.320, 50.900
Angle α, β, γ (deg.)92.520, 111.380, 114.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Putative MCP-type signal transduction protein


分子量: 33243.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 31-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1506c / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q0P8B2
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM ammonium acetate, 23%(w/v) PEG 3350 and 100 mM Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.27 Å / Num. obs: 49677 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 97980
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 3448 / Num. unique all: 1741 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.149 / Rejects: 0 / % possible all: 66.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TlpC

解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1542 2535 5.1 %RANDOM
Rwork0.1169 47127 --
obs0.1187 47127 91.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.89 Å2 / Biso mean: 17.065 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.02 Å2-0.1 Å2
2--0.17 Å2-0.03 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 5 414 2666
Biso mean--10.29 32.88 -
残基数----285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9633451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.95535565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8365335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63426.667117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62515462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.967154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8671.2921272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8621.2891270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2931.9321629
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.27734921
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.028578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.3755195
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 150 -
Rwork0.156 2635 -
all-2785 -
obs--70.29 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る