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万見
- PDB-1zu2: Solution NMR structure of the plant Tom20 mitochondrial import re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zu2
タイトルSolution NMR structure of the plant Tom20 mitochondrial import receptor from Arabidopsis thaliana
要素Mitochondrial import receptor subunit TOM20-3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TPR / tetratricopeptide repeat like / TPR-like
機能・相同性
機能・相同性情報


TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein-transporting ATPase activity / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20 / Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20 / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM20-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Perry, A.J. / Hulett, J.M. / Lithgow, T. / Gooley, P.R.
引用
ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2006
タイトル: Convergent evolution of receptors for protein import into mitochondria
著者: Perry, A.J. / Hulett, J.M. / Likic, V.A. / Lithgow, T. / Gooley, P.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Letter to the Editor: 1H, 13C and 15N Resonance Assignments of the cytosolic domain of Tom20 from Arabidopsis thaliana
著者: Perry, A.J. / Hulett, J.M. / Lithgow, T. / Gooley, P.R.
履歴
登録2005年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM20-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9771
ポリマ－17,9771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM20-3 / Translocase of outer membrane 20 kDa isoform 3


分子量: 17976.834 Da / 分子数: 1 / 断片: isoform-3 cytosolic receptor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TOM20-3 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta [BL21(DE3) derived] / 参照: UniProt: P82874

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
1433D-13C-separated NOESY (aromatics)
1533D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Structure contains 5 non-native residues at the N-terminus (from fusion system protease site) and 8 non-native residues at the C-terminus from a polyhistidine tag.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Tom20 U-15N,13C, 20mM sodium phosphate buffer, 150mM sodium chloride, 0.02 %(w/v) sodium azide, 1mM dithiothreitol, 1mM EDTA, 3mM phenylmethylsulphonylfluoride, 90 % H2O, 10 % D2O90% H2O/10% D2O
21mM Tom20 U-15N, 20mM sodium phosphate buffer, 150mM sodium chloride, 0.02 %(w/v) sodium azide, 1mM dithiothreitol, 1mM EDTA, 3mM phenylmethylsulphonylfluoride, 90 % H2O, 10 % D2O90% H2O/10% D2O
31mM Tom20 U-15N,13C, 20mM sodium phosphate buffer, 150mM sodium chloride, 0.02 %(w/v) sodium azide, 1mM dithiothreitol, 1mM EDTA, 3mM phenylmethylsulphonylfluoride, 95 % D2O95 % D2O
試料状態イオン強度: 150mM sodium chloride / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR4.1cVarian Inc.collection
NMRPipe1.1Delaglio, F.解析
Sparky3.111Goddard, T.D & Kneller, D.G.データ解析
CYANA1.0.7Guentert, P.構造決定
CANDID1Guentert, P. & Herrmann, T.データ解析
CYANA1.0.7Guentert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The CANDID software was used for initial automatic NOE assignment. Structures are based on 1629 NOE-derived upper distance constraints (47 intra residue), 136 distance restraints from ...詳細: The CANDID software was used for initial automatic NOE assignment. Structures are based on 1629 NOE-derived upper distance constraints (47 intra residue), 136 distance restraints from hydrogen bonds, refinement against 129 J(HNHA) coupling constants and 234 PHI/PSI dihedral angle constraints from TALOS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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