PDB-1zts: Solution Structure of Bacillus Subtilis Protein YQBG: Northeast S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zts

タイトル

Solution Structure of Bacillus Subtilis Protein YQBG: Northeast Structural Genomics Consortium Target SR215

要素

Hypothetical protein yqbG

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA / GFT NMR / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NESG / SR215 / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / CYANA2.0

機能・相同性

YqbG-like / Protein of unknown function DUF3199, YqbG / YqbG-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3199) / Hypothetical protein yqbg / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein YqbG

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS distance geometry

データ登録者

Liu, G. / Shen, Y. / Xiao, R. / Acton, T. / Ma, L. / Joachimiak, A. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: NMR structure of protein yqbG from Bacillus subtilis reveals a novel alpha-helical protein fold.
著者: Liu, G. / Shen, Y. / Xiao, R. / Acton, T. / Ma, L.C. / Joachimiak, A. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.

履歴

登録	2005年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zts.cif.gz	862.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zts.ent.gz	721.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zts_validation.pdf.gz	343.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zts_full_validation.pdf.gz	493.1 KB	表示
XML形式データ	1zts_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	1zts_validation.cif.gz	71.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1zts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1zts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d00-d 6lz8-2 6lz6-1 7cbs-4 5kmx-2 6lnn-1 1q3b-d 4i96-d 3nrf-d 5xhb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: SR215

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein yqbG

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Hypothetical protein yqbG 分子量: 15773.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yqbG / プラスミド: pSR215-21.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: P45923

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	SIMULTANEOUS HETERONUCLEAR RESOLVED [1H,1H] NOESY
1	2	1	GFT (4,3)D HNNCABCB
1	3	1	GFT (4,3)D CABCB(CO)NHN
1	4	1	GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
1	5	1	GFT (4,3)D (H)CCH

NMR実験の詳細

Text: by using CYANA2.0

-
試料調製

詳細	内容: 0.94 MM, U-15N,13C; NMR BUFFER 6.5, 5% D2O, 0.02% NAN3, 10MM DTT, 5MM CACL2, 100MM NACL, 20MM MES,PH 6.5; 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	P.GUNTERT ET AL.	精密化
CYANA	2	P.GUNTERT ET AL.	構造決定
XEASY	1.3.1.3	C. Bartels ET AL.	データ解析
NMRPipe	2.3	G. Cornilescu ET AL	解析
AutoStructure	2.0.0	Y J HUANG ET AL	データ解析
CYANA	1.0.5	P.GUNTERT ET AL.	データ解析

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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