PDB-1ztp: X-ray structure of gene product from homo sapiens Hs.433573

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ztp

タイトル

X-ray structure of gene product from homo sapiens Hs.433573

要素

Basophilic leukemia expressed protein BLES03

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hs.433573 / P5326 / BLES03 / BC010512 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics

機能・相同性

Basophilic leukemia-expressed protein Bles03-like / Basophilic leukemia-expressed protein Bles03 / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / RNA binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0696 protein C11orf68

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The structure at 2.5 A resolution of human basophilic leukemia-expressed protein BLES03.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Robinson, H. / Allard, S.T. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2005年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2, 3 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1ztp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1ztp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2q4k-1 6tlg-d 6rtx-d 5nwj-d 2r6s-d 5evj-1 4iys-1 6n63-1 2rve-2 4j6s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.36704

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: GO.36704

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

B: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

C: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

82.8 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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4

A: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

C: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

B: Basophilic leukemia expressed protein BLES03

ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.547, 116.809, 123.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
1	2	A
2	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	A	A	30 - 83	30 - 83
2	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	B	B	30 - 83	30 - 83
3	1	1	MSE	MSE	GLY	GLY	C	C	30 - 83	30 - 83
4	2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	92 - 250	92 - 250
5	2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	92 - 250	92 - 250
6	2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	92 - 250	92 - 250
1	1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	84 - 91	84 - 91
2	1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	84 - 91	84 - 91

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Basophilic leukemia expressed protein BLES03 分子量: 27600.342 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Hs.433573 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9H3H3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 1.2 M SODIUM CITRATE, 0.100 M TRIS, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (111) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 13.35 / 数: 31664 / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.05 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31664 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
6.16	50	100	1	0.048	0.962
4.89	6.16	100	1	0.064	0.947
4.27	4.89	100	1	0.068	1.041
3.88	4.27	100	1	0.075	0.982
3.61	3.88	100	1	0.085	1.053
3.39	3.61	99.9	1	0.101	1.165
3.22	3.39	99.7	1	0.127	1.178
3.08	3.22	99.6	1	0.162	1.166
2.96	3.08	99	1	0.21	1.127
2.86	2.96	99.1	1	0.268	1.073
2.77	2.86	98.7	1	0.339	1.04
2.69	2.77	97.7	1	0.395	1.054
2.62	2.69	95.9	1	0.469	0.998
2.56	2.62	95.2	1	0.508	0.982
2.5	2.56	93.1	1	0.597	0.94

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31664 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 13.353

反射シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.675 / % possible all: 93.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.69 Å / D res low: 43.98 Å / FOM : 0.299 / FOM acentric: 0.327 / FOM centric: 0 / 反射: 18562

Phasing MAD set

R cullis: 0.735 / R cullis acentric: 0.703 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.02 / R kraut acentric: 0.02 / R kraut centric: 0.022 / 最高解像度: 3.69 Å / 最低解像度: 43.98 Å / FOM : 0.299 / FOM acentric: 0.328 / FOM centric: 0 / Loc: 20.483 / Loc acentric: 20.507 / Loc centric: 20.466 / Power: 1.399 kW / Power acentric: 1.378 / Power centric: 1.602

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Loc centric	Power (kW)	Power acentric	Power centric
7.37-43.98	0.56	0.51	0.024	0.023	0.029	0.387	0.466	21.012	21.056	21.248	2.184	2.188	2.165
5.85-7.37	0.602	0.57	0.027	0.027	0.035	0.398	0.444	18.03	18.041	18.121	1.974	1.958	2.103
5.12-5.85	0.689	0.659	0.022	0.022	0.025	0.349	0.382	18.696	18.708	18.806	1.597	1.597	1.594
4.65-5.12	0.766	0.737	0.017	0.018	0.016	0.313	0.338	19.877	19.882	19.929	1.322	1.32	1.35
4.32-4.65	0.812	0.781	0.016	0.016	0.012	0.269	0.291	21.005	21.013	21.089	1.133	1.136	1.094
4.06-4.32	0.849	0.82	0.017	0.017	0.014	0.241	0.258	21.065	21.07	21.127	0.96	0.957	1
3.86-4.06	0.892	0.864	0.019	0.019	0.014	0.223	0.238	21.992	22.001	22.095	0.825	0.823	0.851
3.69-3.86	0.902	0.877	0.02	0.021	0.014	0.205	0.218	22.372	22.372	22.372	0.736	0.736	0.742

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射
7.37-43.98	0.3881	0.4666	2348
5.85-7.37	0.3973	0.4423	2330
5.12-5.85	0.3486	0.3812	2349
4.65-5.12	0.3123	0.3375	2336
4.32-4.65	0.2686	0.29	2332
4.06-4.32	0.2394	0.2561	2347
3.86-4.06	0.2228	0.2377	2334
3.69-3.86	0.2063	0.2182	2186

Phasing dm

FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.59 / 反射: 31594 / Reflection acentric: 28112 / Reflection centric: 3482

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-43.967	0.93	0.93	0.8	1508	1083	425
4.5-7.1	0.86	0.88	0.74	4362	3664	698
3.6-4.5	0.84	0.85	0.76	5390	4747	643
3.1-3.6	0.7	0.71	0.6	5372	4835	537
2.7-3.1	0.44	0.44	0.38	9415	8629	786
2.5-2.7	0.22	0.22	0.22	5547	5154	393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.401	データ抽出
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 8.124 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1607	5.103 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19118	31489	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.987 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.637 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5296	0	0	217	5513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.948	7420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.28	5	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.545	22.727	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.302	15	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.984	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.751	2	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.338	5	5432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.903	8	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.9	10	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1615	loose positional	0.81	5
1	2	B	1615	loose positional	0.9	5
1	3	C	1615	loose positional	0.6	5
2	1	A	56	loose positional	0.57	5
2	2	C	56	loose positional	0.57	5
1	4	A	1615	loose thermal	7.73	10
1	5	B	1615	loose thermal	5.31	10
1	6	C	1615	loose thermal	5.37	10
2	1	A	56	loose thermal	3.57	10
2	2	C	56	loose thermal	3.57	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	118	-
R_work	0.275	1902	-
obs	-	-	86.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)