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- PDB-1ztf: Crystal Structure of A.fulgidus Rio1 serine protein kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ztf
タイトルCrystal Structure of A.fulgidus Rio1 serine protein kinase
要素Rio1 serine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / protein Kinase / ribosome biogenesis / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, small subunit precursor / maturation of SSU-rRNA / hydrolase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / RIO1 family / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XYA / : / RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wlodawer, A. / LaRonde-LeBlanc, N.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structure and activity of the atypical serine kinase Rio1.
著者: Laronde-Leblanc, N. / Guszczynski, T. / Copeland, T. / Wlodawer, A.
履歴
登録2005年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rio1 serine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9212
ポリマ－30,6541
非ポリマー2671
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.987, 52.701, 63.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rio1 serine protein kinase


分子量: 30653.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: Rio1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: GenBank: 11499392, UniProt: O28471*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-XYA / 2-(6-AMINO-OCTAHYDRO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 9-BETA-D-XYLOFURANOSYL-ADENINE / 9-β-D-キシロフラノシル-9H-プリン-6-アミン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3
詳細: PEG 4000, MES, ammonuim sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794, 0.9795, 1.0000
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97951
311
反射解像度: 1.99→40 Å / Num. all: 18480 / Num. obs: 18215 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.15 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23569 948 5.1 %RANDOM
Rwork0.16304 ---
obs0.16683 17678 99.67 %-
all-18480 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2045 0 19 249 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0961.9962829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88534500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9795252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48424.34399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.89815398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4411513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.3516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.31958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2060.51047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2540.5264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1170.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.14521318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6572517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.21832017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.6712938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.0563812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 58 -
Rwork0.195 1270 -
obs--96.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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