PDB-1zso: Hypothetical protein from plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zso

タイトル

Hypothetical protein from plasmodium falciparum

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / zinc ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of the conserved hypothetical protein MAL13P1.257 from Plasmodium falciparum.
著者: Holmes, M.A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Mehlin, C. / Boni, E. / Earnest, T.N. / DeTitta, G. / Luft, J. / Lauricella, A. / Anderson, L. / Kalyuzhniy, O. / Zucker, F. / Schoenfeld, L. ...

履歴

登録	2005年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.description / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1zso.ent.gz	63.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zso_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zso_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	1zso_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	1zso_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dfl-d 1r17-1 4z8n-1 1ctm-d 1ewh-3 3gd1-2 1e2z-2 1hcz-d 2ral-2 1e2v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal004331AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.247, 71.104, 78.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

asymmetric unit contains a dimer, which is probably the biological unit

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 19927.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: MAL13P1.257 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDI8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.4 ul protein 12.4 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer, 1.0M LiCl, 25% PEG 6000, 0.025M Mg nitrate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.9537

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月13日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9797	1
3	0.9537	1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 18151 / % possible obs: 92.8 %

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID
2.15-2.23	0.365	1.636	1
2.23-2.32	0.349	2.417	1
2.32-2.42	0.32	2.865	1
2.42-2.55	0.317	3.404	1
2.55-2.71	0.274	4.708	1
2.71-2.92	0.202	7.485	1
2.92-3.21	0.129	11.555	1
3.21-3.68	0.074	19.242	1
3.68-4.63	0.054	31.76	1
4.63-50	0.049	45.512	1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9796	6.7	-7.5
1	3 wavelength	2	0.9797	4.4	-10.9
1	3 wavelength	3	0.9537	3.2	-3.2

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.69	0.863	0.237	0.816
2	Se	38.457	0.866	0.141	0.086	0.642
3	Se	39.734	0.659	0.858	0.028	0.512
4	Se	60	0.7	0.421	0.137	0.638

Phasing dm

FOM : 0.63 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.65 / 反射: 12385 / Reflection acentric: 10628 / Reflection centric: 1757

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-48.943	0.94	0.95	0.9	600	391	209
4.5-7.1	0.85	0.86	0.79	1727	1381	346
3.6-4.5	0.82	0.82	0.8	2114	1790	324
3.1-3.6	0.76	0.77	0.68	2094	1823	271
2.7-3.1	0.49	0.5	0.44	3720	3308	412
2.5-2.7	0.27	0.28	0.26	2130	1935	195

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE	2.08	位相決定
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
RESOLVE	2.08	位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.17→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.685 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23262	926	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18325	-	-	-
obs	0.18585	17150	94.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	0	162	2809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.919	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.757	3	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.343	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.014	25	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.849	15	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.588	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.3	471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.3	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.5	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.5	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.198	0.3	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.307	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.576	2	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.336	2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.163	3	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.249	4	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.874	6	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.221 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	51	-
R_work	0.209	899	-
obs	-	-	69.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8516	3.3468	-2.3099	4.747	-3.5486	5.137	-0.1054	0.1001	0.2153	0.2303	0.0251	-0.0284	-0.3204	0.0924	0.0803	0.0983	-0.0235	-0.0248	-0.0536	-0.0408	-0.0096	34.184	55.85	60.221
2	2.0026	-0.3535	-0.4103	1.7824	-0.2219	2.4332	0.033	-0.0266	0.0649	0.0423	-0.0085	0.0216	-0.0246	-0.0448	-0.0246	-0.0108	0.0238	-0.0096	0.0293	-0.0095	-0.0084	21.145	42.347	70.025
3	1.825	1.2418	-1.0107	2.6145	-0.8248	1.0483	-0.0755	-0.193	-0.0957	0.0427	-0.0578	-0.0231	-0.1583	0.2246	0.1333	-0.0121	-0.0146	0.0181	0.0141	0.0115	-0.0198	29.88	47.336	68.972
4	1.1718	-0.0917	-0.8531	2.9439	-1.9082	5.0324	-0.1373	0.0147	-0.0575	-0.0722	0.082	0.0474	-0.2233	0.1975	0.0552	-0.0259	-0.0652	-0.0065	-0.0477	-0.0219	-0.0374	33.333	52.496	57.923
5	6.6221	2.0708	-3.9146	1.7731	-1.1372	6.6831	-0.2344	0.2715	0.2766	-0.1199	0.1705	0.0922	0.1645	-0.6698	0.0639	-0.0735	-0.0222	-0.063	0.0594	0.0486	-0.0271	-7.949	29.301	73.279
6	1.7336	-0.1197	-1.1487	3.5095	0.4767	3.5314	0.0033	0.137	-0.0145	0.0599	-0.0049	0.0693	0.0193	-0.1332	0.0016	-0.0736	-0.0087	-0.0292	0.0298	0.0251	0.0152	7.094	36.683	66.644
7	6.6107	1.7728	-4.1846	1.7796	-0.7505	4.3337	0.1672	0.6313	0.1948	-0.4118	0.1991	-0.0925	-0.2614	-0.1564	-0.3664	0.1399	-0.0358	0.0503	0.083	-0.0212	0.0427	14.983	37.51	55.589
8	5.2641	0.6173	-0.3839	4.5025	-0.241	7.8861	-0.2205	-0.1206	0.0905	-0.3021	0.1292	-0.1544	0.5739	0.2557	0.0913	0.0162	-0.0382	-0.028	-0.0758	0.0264	-0.0651	-4.089	25.993	78.761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 27	17 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	28 - 84	36 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	85 - 118	93 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	119 - 156	127 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	6 - 31	14 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	32 - 83	40 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	84 - 118	92 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	119 - 156	127 - 164

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