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万見
- PDB-1zri: NOE-based solution structure with dipolar coupling restraints of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zri
タイトルNOE-based solution structure with dipolar coupling restraints of rat OMP (olfactory marker protein)
要素Olfactory marker protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta-clamshell / omega-loop / Bex-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic knob / neurogenesis / sperm midpiece / peptide binding / acrosomal vesicle / sensory perception of smell / axon / neuronal cell body / dendrite / signal transduction ...dendritic knob / neurogenesis / sperm midpiece / peptide binding / acrosomal vesicle / sensory perception of smell / axon / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Olfactory marker / Olfactory marker protein / Olfactory marker superfamily / Olfactory marker protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Olfactory marker protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Wright, N.T. / Margolis, J.W. / Margolis, F.M. / Weber, D.J.
引用ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2005
タイトル: LRefinement of the Solution Structure of Rat Olfactory Marker Protein (OMP)
著者: Wright, N.T. / Margolis, J.W. / Margolis, F.M. / Weber, D.J.
履歴
登録2005年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650 HELIX Author defined
Remark 700 SHEET Author defined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Olfactory marker protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8761
ポリマ－18,8761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Olfactory marker protein / Olfactory neuronal specific protein


分子量: 18875.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Omp / プラスミド: pGEX-KN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P08523

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C-separated NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
2422D IPAP-HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D and 4D homonuclear techniques, along with residual dipolar coupling experiments (IPAP-HSQC)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5-1.8 mM rat OMP, 10mM phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 0.3 mM NaN3,95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM rat OMP, 10 mM phosphate buffer, 0.1 mM EDTA, 0.3 mM NaN3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM phosphate 6.6ambient 310 K
210 mM phosphate 6.6ambient 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XPLOR-NIH2.9.3構造決定
NMRPipe1解析
XPLOR-NIH2.9.3精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 1764 restraints, of which 1343 are NOE-derived, 124 are H-bonds, 217 are dihedral angles, and 80 are residual dipolar coupling values
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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