PDB-1zr2: Structure of a Synaptic gamma-delta Resolvase Tetramer Covalently...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1zr2

タイトル

Structure of a Synaptic gamma-delta Resolvase Tetramer Covalently Linked to two Cleaved DNAs

要素

AAA
TCAGTGTCCGATAATTTAT
TTATCGGACACTG
Transposon gamma-delta resolvase

キーワード

recombination/DNA / resolvase / site-specific / recombination / flat interface / recombination-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Li, W. / Kamtekar, S. / Xiong, Y. / Sarkis, G.J. / Grindley, N.D. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of a synaptic gamma delta resolvase tetramer covalently linked to two cleaved DNAs.
著者: Li, W. / Kamtekar, S. / Xiong, Y. / Sarkis, G.J. / Grindley, N.D. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2005年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb1zr2.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1zr2_full_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: TCAGTGTCCGATAATTTAT

Z: AAA

Y: TTATCGGACACTG

J: TCAGTGTCCGATAATTTAT

I: AAA

K: TTATCGGACACTG

A: Transposon gamma-delta resolvase

B: Transposon gamma-delta resolvase

62 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: TCAGTGTCCGATAATTTAT

Z: AAA

Y: TTATCGGACACTG

J: TCAGTGTCCGATAATTTAT

I: AAA

K: TTATCGGACACTG

A: Transposon gamma-delta resolvase

B: Transposon gamma-delta resolvase

X: TCAGTGTCCGATAATTTAT

Z: AAA

Y: TTATCGGACACTG

J: TCAGTGTCCGATAATTTAT

I: AAA

K: TTATCGGACACTG

A: Transposon gamma-delta resolvase

B: Transposon gamma-delta resolvase

登録者が定義した集合体
124 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.050, 125.050, 127.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	X
2	4	J
1	5	Z
2	5	I
1	6	Y
2	6	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ASP	A	G	2 - 95	2 - 95
2	1	ALA	ASP	B	H	2 - 95	2 - 95
1	2	LYS	LYS	A	G	105 - 136	105 - 136
2	2	LYS	LYS	B	H	105 - 136	105 - 136
1	3	ASN	ASN	A	G	153 - 183	153 - 183
2	3	ASN	ASN	B	H	153 - 183	153 - 183
1	4	DT	DT	X	A	1 - 19	1 - 19
2	4	DT	DT	J	D	1 - 19	1 - 19
1	5	DA	DA	Z	B	20 - 22	1 - 3
2	5	DA	DA	I	E	20 - 22	1 - 3
1	6	DT	DG	Y	C	23 - 35	1 - 13
2	6	DT	DG	K	F	23 - 35	1 - 13

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

The synaptic tetramer is generated by a two-fold axis: y, x, z.

#1: DNA鎖	TCAGTGTCCGATAATTTAT 分子量: 5809.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: symmetrized resolvase sites
#2: DNA鎖	AAA 分子量: 894.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: symmetrized resolvase sites
#3: DNA鎖	TTATCGGACACTG 分子量: 3966.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: symmetrized resolvase sites
#4: タンパク質	Transposon gamma-delta resolvase / Transposon Tn1000 resolvase 分子量: 20353.477 Da / 分子数: 2 / Mutation: R2A, E56K, G101S, E102Y, M103I, E124Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: activated gamma-delta resolvase mutant / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnpR / プラスミド: pSW26131 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P03012

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Magnesium Formate, 0.1M Sodium Acetate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Sodium Chloride	1	1
2	Magnesium Formate	1	1
3	Sodium Acetate	1	1
4	H2O	1	1
5	Sodium Chloride	1	2
6	Magnesium Formate	1	2
7	Sodium Acetate	1	2
8	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.909 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月14日
放射	モノクロメーター: Rh coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.909 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→41 Å / Num. all: 11577 / Num. obs: 10987 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 3.14 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	最高解像度: 3.9 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / R_sym value: 0.094 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.9→34.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.864 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / SU B: 125.781 / SU ML: 0.791 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.881
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32237	1003	9.8 %	RANDOM
R_work	0.26382	-	-	-
obs	0.26975	9281	100 %	-
all	-	9694	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→34.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2838	1422	0	0	4260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	2.368	6270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.439	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.668	23.438	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.576	15	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.575	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.094	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	X	376	medium positional	0.41	0.5
2	X	128	medium positional	0.36	0.5
3	X	124	medium positional	0.22	0.5
1	X	354	loose positional	0.99	5
2	X	123	loose positional	1.01	5
3	X	119	loose positional	0.42	5
4	X	385	loose positional	0.58	5
5	Z	63	loose positional	0.22	5
6	Y	263	loose positional	0.41	5

LS精密化シェル

解像度: 3.9→4.108 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	128	-
R_work	0.347	1318	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.5611	4.4471	1.5391	14.4465	-5.9339	10.0912	0.3006	0.1289	-0.476	-0.036	0.439	0.638	0.163	-1.2434	-0.7397	-0.7284	-0.0727	0.07	-0.7141	0.3449	-0.8292	26.4141	82.0656	8.7592
2	10.0175	6.4259	8.0703	4.5171	5.8085	8.5442	-0.6736	0.9732	-1.2119	-0.1862	1.0009	1.0285	-0.2647	0.6256	-0.3273	-0.6073	-0.131	-0.2645	-0.7902	0.1274	-0.0734	34.7673	73.755	-9.2127
3	34.6148	9.774	14.9262	17.7821	11.2001	39.5175	0.9463	-1.3891	-1.6752	-1.4682	-2.1273	1.1979	0.6127	-3.4453	1.181	-0.9813	-0.1725	-0.7464	-0.5035	-0.149	0.2206	0.0842	60.8601	-26.4363
4	12.4858	-2.445	7.1074	1.1786	0.2075	7.7011	0.9035	-1.982	-0.8232	-0.6637	-0.4141	1.1392	-0.7541	-1.3707	-0.4895	0.0516	-0.0024	-0.4515	-0.1065	0.0099	0.7092	6.2545	72.4689	-20.1793
5	12.901	2.7055	-4.3911	13.8169	0.745	18.0719	0.748	0.4944	0.4046	-0.3052	-0.0935	0.469	-2.2103	-0.645	-0.6545	-0.3044	0.2133	-0.0485	-0.7777	0.1084	-0.9955	44.0669	101.6854	-15.6528
6	1.1508	2.6147	1.3232	26.04	11.7215	7.9783	0.1984	-0.1495	0.169	1.3804	-0.2864	0.7291	0.7918	-0.6151	0.0881	-0.4274	-0.037	-0.0813	-0.8734	0.087	-0.8419	48.5763	101.6889	4.9725
7	23.4339	-0.0258	-3.4849	27.6279	4.2822	22.9813	1.4132	0.0321	1.0499	-1.0046	-0.4912	-0.3442	-1.0504	-0.0084	-0.922	-0.4779	-0.033	0.027	-1.541	0.317	-1.3248	45.7577	142.3566	14.5014
8	4.6672	0.7668	-1.3833	3.9549	1.9381	5.9789	0.7503	1.157	0.622	-1.2886	-0.5347	0.1993	-0.7521	-0.8426	-0.2156	0.3089	-0.1497	-0.0944	-0.1954	0.3066	-0.6758	38.1121	132.1945	7.4795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	1 - 99	1 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	G	100 - 143	100 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	G	144 - 183	144 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Z	B	20 - 22	1 - 3
5	X-RAY DIFFRACTION	4	X	A	1 - 19	1 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	4	Y	C	23 - 35	1 - 13
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	H	2 - 99	2 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	H	100 - 143	100 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	H	144 - 183	144 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	8	I	E	20 - 22	1 - 3
11	X-RAY DIFFRACTION	8	J	D	1 - 19	1 - 19
12	X-RAY DIFFRACTION	8	K	F	23 - 35	1 - 13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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