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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1znt
タイトル18 NMR structures of AcAMP2-Like Peptide with non Natural Fluoroaromatic Residue (AcAMP2F18Pff/Y20Pff) complex with N,N,N-triacetylchitotriose
要素AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / alfa-helix / anti-parallel beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Antimicrobial peptide, C6 type, conserved site / Plant C6 type antimicrobial peptide (AMP) signature. / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Antimicrobial peptide 2
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / The structures are based on a total 314 cross peaks, 248 NOE-derived distance restraints, and finally 208 distance constraints, 18 come from cys-cys disulfide were used in the final round of calculation
データ登録者Chavez, M.I. / Andreu, C. / Vidal, P. / Aboitiz, N. / Freire, F. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Asensio, G. / Muraki, M. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J.
引用
ジャーナル: Chemistry / 年: 2005
タイトル: On the Importance of Carbohydrate-Aromatic Interactions for the Molecular Recognition of Oligosaccharides by Proteins: NMR Studies of the Structure and Binding Affinity of AcAMP2-like ...タイトル: On the Importance of Carbohydrate-Aromatic Interactions for the Molecular Recognition of Oligosaccharides by Proteins: NMR Studies of the Structure and Binding Affinity of AcAMP2-like Peptides with Non-Natural Naphthyl and Fluoroaromatic Residues
著者: Chavez, M.I. / Andreu, C. / Vidal, P. / Aboitiz, N. / Freire, F. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Asensio, G. / Muraki, M. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: H NMR study of the solution structure of Ac-AMP2, a sugar binding antimicrobial protein isolated from Amaranthus caudatus
著者: Martins, J.C. / Maes, D. / Loris, R. / Pepermans, H.A.M. / Wyns, L. / Willem, R. / Verheyden, P.
#2: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2002
タイトル: The importance of CH/pi interactions to the function of carbohydrate binding proteins
著者: Muraki, M.
#3: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2004
タイトル: NMR and modeling studies of protein-carbohydrate interactions: synthesis, three-dimensional structure, and recognition properties of a minimum hevein domain with binding affinity for chitooligosaccharides
著者: Aboitiz, N. / Vila-Perello, M. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Andreu, D. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: NMR investigations of protein-carbohydrate interactions: studies on the relevance of Trp/Tyr variations in lectin binding sites as deduced from titration microcalorimetry and NMR ...タイトル: NMR investigations of protein-carbohydrate interactions: studies on the relevance of Trp/Tyr variations in lectin binding sites as deduced from titration microcalorimetry and NMR studies on hevein domains. Determination of the NMR structure of the complex between pseudohevein and N,N',N"-triacetylchitotriose
著者: Asensio, J.L. / Siebert, H.C. / von Der Lieth, C.W. / Laynez, J. / Bruix, M. / Soedjanaamadja, U.M. / Beintema, J.J. / Canada, F.J. / Gabius, H.J. / Jimenez-Barbero, J.
#5: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for chitin recognition by defense proteins: GlcNAc residues are bound in a multivalent fashion by extended binding sites in hevein domains
著者: Asensio, J.L. / Canada, F.J. / Siebert, H.C. / Laynez, J. / Poveda, A. / Nieto, P.M. / Soedjanaamadja, U.M. / Gabius, H.J. / Jimenez-Barbero, J.
#6: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Chemically prepared hevein domains: effect of C-terminal truncation and the mutagenesis of aromatic residues on the affinity for chitin
著者: Muraki, M. / Morii, H. / Harata, K.
履歴
登録2005年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8402
ポリマ－3,2131
非ポリマー6281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 30Fewest restraint violation, secondary lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2 / ACMP2


分子量: 3212.771 Da / 分子数: 1 / 変異: Phe18PFF, Tyr20PFF / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in AMARANTHUS CAUDATUS (INCA-WHEAT). SEQUENCE PREPARED BY STANDARD SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS ...詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in AMARANTHUS CAUDATUS (INCA-WHEAT). SEQUENCE PREPARED BY STANDARD SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS PROTOCOLS USING FMOC CHEMISTRY. Phe18 and Tyr20 have been mutated to the non proteinogenic aminoacid 4-fluorophenyalanine.
参照: UniProt: P27275*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques which are NOESY at tm=300 and TOCSY at tm=50 and 70 ms

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試料調製

詳細内容: 1mM AcAMP2F18Pff/Y20Pff, 12mM chitotriose, 20mM Phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.2Brukercollection
XEASY1.3.13Wuthrichデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
Amber5Kollman精密化
精密化手法: The structures are based on a total 314 cross peaks, 248 NOE-derived distance restraints, and finally 208 distance constraints, 18 come from cys-cys disulfide were used in the final round of calculation
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Fewest restraint violation, secondary lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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