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- PDB-1zuv: 24 NMR structures of AcAMP2-Like Peptide with Phenylalanine 18 mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuv
タイトル24 NMR structures of AcAMP2-Like Peptide with Phenylalanine 18 mutated to Tryptophan
要素AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / alfa-helix / anti-parallel beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Antimicrobial peptide, C6 type, conserved site / Plant C6 type antimicrobial peptide (AMP) signature. / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antimicrobial peptide 2
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / The structures are based on 331 NOE-derived distance constraints, 18 come from cys-cys disulfide bridges
データ登録者Chavez, M.I. / Andreu, C. / Vidal, P. / Freire, F. / Aboitiz, N. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Asensio, G. / Muraki, M. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J.
引用
ジャーナル: Chemistry / 年: 2005
タイトル: On the Importance of Carbohydrate-Aromatic Interactions for the Molecular Recognition of Oligosaccharides by Proteins: NMR Studies of the Structure and Binding Affinity of AcAMP2-like ...タイトル: On the Importance of Carbohydrate-Aromatic Interactions for the Molecular Recognition of Oligosaccharides by Proteins: NMR Studies of the Structure and Binding Affinity of AcAMP2-like Peptides with Non-Natural Naphthyl and Fluoroaromatic Residues
著者: Andreu, C. / Vidal, P. / Aboitiz, N. / Freire, F. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Asensio, G. / Muraki, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: H NMR study of the solution structure of Ac-AMP2, a sugar binding antimicrobial protein isolated from Amaranthus caudatus
著者: Martins, J.C. / Maes, D. / Loris, R. / Pepermans, H.A.M. / Wyns, L. / Willem, R. / Verheyden, P.
#2: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2002
タイトル: The importance of CH/pi interactions to the function of carbohydrate binding proteins
著者: Muraki, M.
#3: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2004
タイトル: NMR and modeling studies of protein-carbohydrate interactions: synthesis, three-dimensional structure, and recognition properties of a minimum hevein domain with binding affinity for chitooligosaccharides
著者: Aboitiz, N. / Vila-Perello, M. / Groves, P. / Asensio, J.L. / Andreu, D. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: NMR investigations of protein-carbohydrate interactions: studies on the relevance of Trp/Tyr variations in lectin binding sites as deduced from titration microcalorimetry and NMR ...タイトル: NMR investigations of protein-carbohydrate interactions: studies on the relevance of Trp/Tyr variations in lectin binding sites as deduced from titration microcalorimetry and NMR studies on hevein domains. Determination of the NMR structure of the complex between pseudohevein and N,N',N"-triacetylchitotriose
著者: Asensio, J.L. / Siebert, H.C. / von Der Lieth, C.W. / Laynez, J. / Bruix, M. / Soedjanaamadja, U.M. / Beintema, J.J. / Canada, F.J. / Gabius, H.J. / Jimenez-Barbero, J.
#5: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for chitin recognition by defense proteins: GlcNAc residues are bound in a multivalent fashion by extended binding sites in hevein domains
著者: Asensio, J.L. / Canada, F.J. / Siebert, H.C. / Laynez, J. / Poveda, A. / Nieto, P.M. / Soedjanaamadja, U.M. / Gabius, H.J. / Jimenez-Barbero, J.
#6: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Chemically prepared hevein domains: effect of C-terminal truncation and the mutagenesis of aromatic residues on the affinity for chitin
著者: Muraki, M. / Morii, H. / Harata, K.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2341
ポリマ－3,2341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #2lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AMARANTHUS CAUDATUS ANTIMICROBIAL PEPTIDE 2 / ACMP2


分子量: 3233.818 Da / 分子数: 1 / 変異: F18W / 由来タイプ: 合成
詳細: The residue Phe18 was changed to tryptophan. The sequence by standard solid phase synthesis using Fmoc chemistry according to standard protocols.
参照: UniProt: P27275*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12.76mM ACAMP2F18W; 20mM Phosphate buffer
290% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.2Brukercollection
XEASY1.3.13Wuthrichデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
Amber5Kollman精密化
精密化手法: The structures are based on 331 NOE-derived distance constraints, 18 come from cys-cys disulfide bridges
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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