PDB-2n3p: SOLUTION NMR STRUCTURE of ASTEROPSIN G from MARINE SPONGE ASTEROPUS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n3p

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE of ASTEROPSIN G from MARINE SPONGE ASTEROPUS

要素

Asteropsin_G

キーワード

TOXIN / KNOTTIN / SPONGE

機能・相同性

Asteropsin_G

機能・相同性情報

生物種

Asteropus (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Su, M. / Jung, J.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Stable and non-cytotoxic cystine knot peptides from a marine sponge asteropus
著者: Su, M. / Li, H. / Wang, H. / Kim, E. / Hong, J. / Hamann, M.T. / Kim, H. / Kim, E. / Jung, J.H.

履歴

登録	2015年6月9日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n3p.cif.gz	177.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n3p.ent.gz	147.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n2g
類似構造データ	1scy-d 1yp8-d 2nlc-1 6d8s-d 2nld-1 6d9p-d 2kbu-d 6d8u-d 6d8r-d 1xf7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25653

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asteropsin_G

3.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Asteropsin_G 分子量: 3524.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Asteropus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A1A9T940*PLUS
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 10 mM Asteropsin G-1, DMSO / 溶媒系: DMSO
試料	濃度: 10 mM / 構成要素: Asteropsin G-1
試料状態	pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	解析
CNS		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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