PDB-1zn8: Human Adenine Phosphoribosyltransferase Complexed with AMP, in Sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zn8

タイトル

Human Adenine Phosphoribosyltransferase Complexed with AMP, in Space Group P1 at 1.76 A Resolution

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Purine salvage

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / Purine salvage / grooming behavior / GMP salvage / IMP salvage / AMP salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Iulek, J. / Silva, M. / Tomich, C.H.T.P. / Thiemann, O.H.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2008
タイトル: Structural Complexes of Human Adenine Phosphoribosyltransferase Reveal Novel Features of the APRT Catalytic Mechanism
著者: Silva, C.H. / Silva, M. / Iulek, J. / Thiemann, O.H.

履歴

登録	2005年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zn8.cif.gz	91.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zn8.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zn7C 1zn9C 1ore C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zmi-1 5b6h-1 6hgp-d 1zn9-d 5y07-d 5znq-d 1zn7-d 5vjn-d 2dy0-d 6fcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (5)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

B: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.060, 47.470, 47.840
Angle α, β, γ (deg.)	75.41, 68.42, 61.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 19629.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APRT / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07741, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15.0 % (V/V) glycerol, 25.5 % (w/V) polyethylene glycol 4000, 0.17 mol/L sodium acetate and 0.085 mol/L Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 K, pH 8.50

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.5418
シンクロトロン	LNLS	D03B-MX1		2	1.4538

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.4538	1

反射

解像度: 1.76→44 Å / Num. obs: 31837

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.533 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	1629	5.1 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.16	30208	95.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0.96 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-0.37 Å²	-0.24 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2717	0	47	355	3119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	2.025	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	6499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.317	5	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.747	23.252	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.397	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.271	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.295	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.219	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.467	1.5	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.3	1.5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.607	2	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.758	3	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.006	4.5	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	93	-
R_work	0.22	1683	-
obs	-	-	72.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1542	-0.5825	0.1045	0.6432	0.1305	0.5324	-0.0486	-0.0451	0.1186	0.0422	0.0546	-0.061	-0.0209	0.0185	-0.006	-0.0294	-0.0155	-0.0025	-0.0271	0.0017	-0.022	27.5188	7.9195	6.7282
2	1.2066	-0.6356	0.0389	0.5605	0.0693	0.707	0.089	0.1627	-0.0643	-0.0589	-0.087	0.062	-0.0053	0.0149	-0.0021	-0.0266	-0.0058	-0.007	-0.0123	0.0031	-0.0306	19.5023	-7.4347	-7.4523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 180	3 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	D	1031	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 180	2 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	E	1032	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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