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万見
- PDB-1zmk: Crystal structure of human alpha-defensin-2 (variant Gly16-> D-AL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zmk
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin-2 (variant Gly16-> D-ALA), P 42 21 2 space group
要素Neutrophil defensin 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha-defensin / antimicrobial / D-amino acid substitutions
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / Alpha-defensins / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response ...disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / Alpha-defensins / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Prahl, A. / Lu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Reconstruction of the conserved beta-bulge in mammalian defensins using D-amino acids.
著者: Xie, C. / Prahl, A. / Ericksen, B. / Wu, Z. / Zeng, P. / Li, X. / Lu, W.Y. / Lubkowski, J. / Lu, W.
履歴
登録2005年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 2
B: Neutrophil defensin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9535
ポリマ－6,7902
非ポリマー1633
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area4120 Å2
手法PISA
2
A: Neutrophil defensin 2
B: Neutrophil defensin 2
ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 2
B: Neutrophil defensin 2
ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 2
B: Neutrophil defensin 2
ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 2
B: Neutrophil defensin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,81220
ポリマ－27,1608
非ポリマー65212
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area9190 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.148, 47.148, 50.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

CL

21A-135-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 2


分子量: 3395.059 Da / 分子数: 2 / 変異: G16(DAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFA3, DEF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59666
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: tri-sodium citrate dihydrate, Tris/HCl, PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. all: 24405 / Num. obs: 24405 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Based on monomer of HNP-3 (PDB ID code 1DFN)

1dfn


解像度: 1.3→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.27 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17676 734 5.1 %RANDOM
Rwork0.16033 ---
all0.16116 ---
obs0.16116 13688 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数468 0 8 75 551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.95673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.88131020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.149556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.48818.18222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7231573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.136158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.3422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.5213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1190.5342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2450.565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2580.54
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.38
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2790.362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4240.525
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5532369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0122122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1023458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0172304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.383215
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.63631307
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.842377
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.5263929
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 105 -
Rwork0.129 1921 -
obs--97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.87320.35330.43030.4419-0.02080.5575-0.0949-0.26160.0880.09190.05280.04210.02550.00220.0421-0.00110.02040.0031-0.0016-0.005-0.032213.499928.433742.5799
20.35160.67940.12972.98780.90941.3046-0.0052-0.00910.03990.0054-0.03630.0902-0.018-0.03280.0415-0.0230.00660.0002-0.0105-0.0077-0.009619.182334.196132.6357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 291 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 291 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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