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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zmh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human neutrophil peptide 2, HNP-2 (variant Gly16-> D-Ala) | ||||||
![]() | Neutrophil defensin 2 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha-defensin / D-amino acid substitution | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Alpha-defensins / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response ...Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Alpha-defensins / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lubkowski, J. / Prahl, A. / Lu, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reconstruction of the conserved beta-bulge in mammalian defensins using D-amino acids. 著者: Xie, C. / Prahl, A. / Ericksen, B. / Wu, Z. / Zeng, P. / Li, X. / Lu, W.Y. / Lubkowski, J. / Lu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3395.059 Da / 分子数: 4 / 変異: G16(DAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-P6G / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: lithium sulfate, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 20719 / Num. obs: 20719 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.55 Å / % possible all: 65.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BASED ON MONOMER OF HNP-3 (PDB ENTRY 1DEF) 解像度: 1.5→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.676 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.748 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.581 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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