PDB-1zmh: Crystal structure of human neutrophil peptide 2, HNP-2 (variant G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zmh

タイトル

Crystal structure of human neutrophil peptide 2, HNP-2 (variant Gly16-> D-Ala)

要素

Neutrophil defensin 2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha-defensin / D-amino acid substitution

機能・相同性

機能・相同性情報

Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Alpha-defensins / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Prahl, A. / Lu, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Reconstruction of the conserved beta-bulge in mammalian defensins using D-amino acids.
著者: Xie, C. / Prahl, A. / Ericksen, B. / Wu, Z. / Zeng, P. / Li, X. / Lu, W.Y. / Lubkowski, J. / Lu, W.

履歴

登録	2005年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zmh.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zmh.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmiC 1zmkC 1defS 1dfn 1zmm 1zmp 1zmq C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pml-3 6jwd-d 2ltv-d 6wxk-5 1y62-5 3a03-d 2pnx-2 6f1f-3 3nkj-d 2hqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (11) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

14.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.26 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.07 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 4 ポリマー
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4

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.038, 26.051, 61.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.79, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-39- HOH
2	1	C-435- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 2 / HNP-2 分子量: 3395.059 Da / 分子数: 4 / 変異: G16(DAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFA3, DEF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59666
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: lithium sulfate, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 20719 / Num. obs: 20719 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.038
反射シェル	解像度: 1.48→1.55 Å / % possible all: 65.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BASED ON MONOMER OF HNP-3 (PDB ENTRY 1DEF)

1def

解像度: 1.5→19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.676 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21252	1022	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17734	-	-	-
all	0.179	19047	-	-
obs	0.17921	19047	95.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	936	0	46	109	1091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.023	1.971	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.516	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.474	17.907	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.783	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.172	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.3	425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.331	0.5	685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.28	0.3	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.351	0.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.945	2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.976	3	911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.276	2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.267	3	449
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.467	3	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.97	3	111
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.673	3	978

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.581 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	122	-
R_work	0.141	2226	-
obs	-	-	77.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5597	0.1461	1.4378	0.8835	-0.4426	1.9381	0.0354	-0.0064	-0.2264	-0.026	-0.086	-0.0521	0.1169	0.0182	0.0505	-0.012	0.0337	0.0165	0.0112	0.0253	-0.0268	10.3019	-5.5531	-0.1274
2	2.4086	-0.702	-1.6631	1.1312	0.4321	4.4576	0.1615	0.0471	0.2124	0.0204	-0.0629	-0.0519	-0.0948	0.0734	-0.0986	-0.0183	0.0031	0.0134	-0.0058	0.0342	-0.0275	13.6786	4.5719	8.2339
3	0.493	-0.0558	-0.8368	1.0341	0.4656	1.8838	0.0432	-0.0018	0.0609	-0.0091	-0.0119	0.0177	-0.0331	-0.0219	-0.0314	0.0182	0.0017	0.0114	-0.0214	0.0041	-0.0135	25.7493	30.184	36.9474
4	3.6463	0.2791	1.0035	0.7361	-0.5335	1.9461	0.0243	0.0936	-0.0382	-0.0128	0.0654	0.0253	-0.0017	-0.0952	-0.0897	0.0058	0.0089	0.0001	-0.0228	0.0035	-0.022	22.3218	19.7275	29.6211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 29	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 29	1 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 29	1 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 29	1 - 29

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関連情報:EMDBヘッダ

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