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万見
- PDB-1zme: CRYSTAL STRUCTURE OF PUT3/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zme
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PUT3/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5IU)P*TP*GP*GP*CP*TP*(5IU)P*CP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*CP*CP*G)-3')
  • PROLINE UTILIZATION TRANSCRIPTION ACTIVATOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / PUT3 / ZN2CYS6 / BINUCLEAR CLUSTER / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of proline catabolic process to glutamate / proline metabolic process / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Single helix bin / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily ...: / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Single helix bin / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Proline utilization trans-activator
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Swaminathan, K. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a PUT3-DNA complex reveals a novel mechanism for DNA recognition by a protein containing a Zn2Cys6 binuclear cluster.
著者: Swaminathan, K. / Flynn, P. / Reece, R.J. / Marmorstein, R.
履歴
登録1997年8月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*CP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5IU)P*TP*GP*GP*CP*TP*(5IU)P*CP*CP*CP*G)-3')
C: PROLINE UTILIZATION TRANSCRIPTION ACTIVATOR
D: PROLINE UTILIZATION TRANSCRIPTION ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8388
ポリマ－26,5764
非ポリマー2624
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.650, 121.650, 39.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 5206.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子 (発現宿主): PUT3 (31-100) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYS-S
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5IU)P*TP*GP*GP*CP*TP*(5IU)P*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 5443.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 PROLINE UTILIZATION TRANSCRIPTION ACTIVATOR / PUT3 (PROLINE UTILIZATION TRANSCRIPTION ACTIVATOR)


分子量: 7963.330 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 31 - 100 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25502
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0 MM DIMER PROTEIN + 1.5 MM DNA DUPLEX PREPARED. 1.0 MILLILITER (0.1 M MES BUFFER, PH 6.5 + 10 MM MG CL2 + 20 MM NA CL + 20 % PEG 4K) RESERVOIR. HANGING DROP, LINBRO BOX, 20 DEGREE C. ...詳細: 1.0 MM DIMER PROTEIN + 1.5 MM DNA DUPLEX PREPARED. 1.0 MILLILITER (0.1 M MES BUFFER, PH 6.5 + 10 MM MG CL2 + 20 MM NA CL + 20 % PEG 4K) RESERVOIR. HANGING DROP, LINBRO BOX, 20 DEGREE C. WITHIN 5 DAYS, 0.2 X 0.3 X 0.4 MM CRYSTALS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES BUFFER11
2MGCL211
3NACL11
4PEG 400011
5MES BUFFER12
6MGCL212
7NACL12
8PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月2日 / 詳細: MSC/YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: MSC YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 11024 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rsym value: 0.078

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1057 10.2 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 10388 91.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1104 690 6 157 1957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.753
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.631.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.992
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 137 9.6 %
Rwork0.324 1295 -
obs--76.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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