PDB-1zld: Crystal structure of a RGD-containing host-selective toxin: Pyren...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zld

タイトル

Crystal structure of a RGD-containing host-selective toxin: Pyrenophora tritici-repentis Ptr ToxA

要素

Ptr necrosis toxin

キーワード

TOXIN / beta-sandwich / RGD-motif

機能・相同性

Proteinaceous host-selective toxin ToxA / Proteinaceous host-selective toxin ToxA / ToxA superfamily / Proteinaceous host-selective toxin ToxA / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / A necrosis toxin

機能・相同性情報

生物種

Pyrenophora tritici-repentis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sarma, G.N. / Manning, V.A. / Ciuffetti, L.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2005
タイトル: Structure of Ptr ToxA: An RGD-Containing Host-Selective Toxin from Pyrenophora tritici-repentis
著者: Sarma, G.N. / Manning, V.A. / Ciuffetti, L.M. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2005年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zld.cif.gz	57.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zld.ent.gz	42.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/1zld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/1zld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hbk-d 3fvi-1 1zle-3 3o5n-2 2fcj-3 1q60-d 3ssi-d 1m4b-d 5bpb-4 4pom-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ptr necrosis toxin

ヘテロ分子

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.2, 78.2, 78.2
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	198
Cell setting	cubic
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-551- HOH

#1: タンパク質	Ptr necrosis toxin / Ptr ToxA 分子量: 13207.755 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrenophora tritici-repentis (菌類) / 参照: UniProt: P78737
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 15% Dioxane, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 19466 / Num. obs: 19466 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 %
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.7 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.18348	1993	random
R_work	0.15729	-	-
all	0.15997	19466	-
obs	0.15729	17473	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	848	0	10	113	971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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