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万見
- PDB-1zk3: Triclinic crystal structure of the apo-form of R-specific alcohol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zk3
タイトルTriclinic crystal structure of the apo-form of R-specific alcohol dehydrogenase (mutant G37D) from Lactobacillus brevis
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain reductases/dehydrogenases / magnesium dependence / R-specific alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schlieben, N.H. / Niefind, K. / Muller, J. / Riebel, B. / Hummel, W. / Schomburg, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Atomic Resolution Structures of R-specific Alcohol Dehydrogenase from Lactobacillus brevis Provide the Structural Bases of its Substrate and Cosubstrate Specificity
著者: Schlieben, N.H. / Niefind, K. / Muller, J. / Riebel, B. / Hummel, W. / Schomburg, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of R-specific alcohol dehydrogenase from Lactobacillus brevis suggests the structural basis of its metal dependency
著者: Niefind, K. / Muller, J. / Riebel, B. / Hummel, W. / Schomburg, D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary characterization of crystals of R-alcohol dehydrogenase from Lactobacills brevis
著者: Niefind, K. / Riebel, B. / Muller, J. / Hummel, W. / Schomburg, D.
履歴
登録2005年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 600 HETEROGEN Water molecules 253-375 are associated with chain A, 453-575 are associated with chain ... HETEROGEN Water molecules 253-375 are associated with chain A, 453-575 are associated with chain B, 653-775 are associated with chain C, 853-975 are associated with chain D, 1053-1175 are associated with chain E, 1253-1375 are associated with chain F, 1453-1575 are associated with chain G and 1653-1775 are associated with chain H.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
C: R-specific alcohol dehydrogenase
D: R-specific alcohol dehydrogenase
E: R-specific alcohol dehydrogenase
F: R-specific alcohol dehydrogenase
G: R-specific alcohol dehydrogenase
H: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,81012
ポリマ－213,7138
非ポリマー974
水21,0051166
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
C: R-specific alcohol dehydrogenase
D: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9056
ポリマ－106,8564
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area31430 Å2
手法PISA
2
E: R-specific alcohol dehydrogenase
F: R-specific alcohol dehydrogenase
G: R-specific alcohol dehydrogenase
H: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9056
ポリマ－106,8564
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.632, 72.234, 118.092
Angle α, β, γ (deg.)101.41, 92.78, 114.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a tetramer. The asymmetric unit contains eight monomers belonging to two different tetramers.The chains A, B, C, and D form one tetramer and the chains E, F, G, and H the other.

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要素

#1: タンパク質
R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 26714.098 Da / 分子数: 8 / 変異: G37D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
プラスミド: pkk177-3H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q84EX5, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63.8 Å / Num. all: 94706 / Num. obs: 94706

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→63.8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.245 4149 RANDOM
Rwork0.214 --
all0.214 82986 -
obs0.214 78837 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→63.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14992 0 4 1166 16162
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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