[日本語] English
万見
- PDB-1zh4: Crystal Structure Of The Mg+2/BeF3-Bound Receiver Domain Of Kdp P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zh4
タイトルCrystal Structure Of The Mg+2/BeF3-Bound Receiver Domain Of Kdp Potassium Transport System Response Regulator KdpE
要素KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE
キーワードTRANSCRIPTION / Two-Component System / Gene Regulation / Transcription Factor / Kdp Potassium Transport System / Doubly Wound Five-Stranded Beta-Alpha Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: A common dimerization interface in bacterial response regulators KdpE and TorR.
著者: Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M.
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700SHEET Determination method: author

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE
B: KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1576
ポリマ－26,9772
非ポリマー1814
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.912, 126.675, 62.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE


分子量: 13488.371 Da / 分子数: 2 / 断片: N-Terminal Receiver Domain (residues 1-121) / 変異: A121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kdpE / プラスミド: pEF27 (pJES307 derivative) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21866
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, Magnesium Chloride, MES Buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.07179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月12日
放射モノクロメーター: KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 15063 / Num. obs: 14572 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 1316 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERV. 1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZH3 (Ala Model)

1zh3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.033 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26507 706 5 %RANDOM
Rwork0.22651 ---
obs0.22851 13343 95.68 %-
all-15170 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å20 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3---4.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 10 107 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.9812557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825239
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.3899
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.5211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0460.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.50121194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5331902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6022700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5153655
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.359 46
Rwork0.308 860
obs-906

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る