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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgz
タイトルCrystal Structure Of The Receiver Domain Of TMAO Respiratory System Response Regulator TorR
要素TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
キーワードTRANSCRIPTION / Two-Component System / Gene Regulation / Transcription Factor / TMAO Respiratory System / Doubly Wound Five-Stranded Beta-Alpha Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: A common dimerization interface in bacterial response regulators KdpE and TorR.
著者: Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M.
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
B: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
C: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
D: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2947
ポリマ－56,0104
非ポリマー2843
水3,783210
1
A: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
B: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1934
ポリマ－28,0052
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
2
C: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
D: TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1013
ポリマ－28,0052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.471, 58.389, 64.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR


分子量: 14002.429 Da / 分子数: 4 / 断片: N-Terminal Receiver Domain (residues 1-122) / 変異: L122Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: torR / プラスミド: pEF26 (pJES307 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P38684
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000 MME, Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月13日
放射モノクロメーター: KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 35665 / Num. obs: 34815 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2834 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.444 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.166
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 3310 9.8 %RANDOM
Rwork0.19219 ---
obs0.19723 30446 95.72 %-
all-35708 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å2-0.77 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 16 210 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.985170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7835477
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.31779
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.5397
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.3132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23422385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1433875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47121422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.40731295
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 207
Rwork0.253 1701
obs-1908

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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