PDB-1zg6: TEM1 beta lactamase mutant S70G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zg6

タイトル

TEM1 beta lactamase mutant S70G

要素

Beta-lactamase TEM

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stec, B. / Holtz, K.M. / Wojciechowski, C.L. / Kantrowitz, E.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of the wild-type TEM-1 beta-lactamase at 1.55 A and the mutant enzyme Ser70Ala at 2.1 A suggest the mode of noncovalent catalysis for the mutant enzyme.
著者: Stec, B. / Holtz, K.M. / Wojciechowski, C.L. / Kantrowitz, E.R.

履歴

登録	2005年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zg6.cif.gz	66.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zg6.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zg6_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zg6_full_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示
XML形式データ	1zg6_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	1zg6_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zg4C 1btlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iq8-3 1nym-d 1ny0-d 4op8-d 1zg4-d 1htz-2 4ibx-3 1kge-d 4ibr-d 4oq0-d 4rva-d 5i52-1 6kbz-1 1erm-d 4r4s-d 1ghi-d 5i63-2 4rx3-d 1htz-4 4c75-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase TEM

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.990, 62.650, 89.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase TEM / TEM-1 / Penicillinase 分子量: 31564.230 Da / 分子数: 1 / 変異: S70G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年12月13日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 12889 / Num. obs: 12889 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SDMS	データ収集
SDMS	データ削減
X-PLOR	モデル構築
SHELXL-97	精密化
SDMS	データスケーリング
X-PLOR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BTL

1btl

解像度: 2.1→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.275	-	RANDOM
R_work	0.175	-	-
all	0.176	12889	-
obs	0.176	12889	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2028	0	0	157	2185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	2
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	23.6

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