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万見
- PDB-1zfu: Plectasin:A peptide antibiotic with therapeutic potential from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zfu
タイトルPlectasin:A peptide antibiotic with therapeutic potential from a saprophytic fungus
要素Plectasin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / defensin / antimicrobial peptide / cysteine stabilized alpha-beta motif
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Arthropod defensin / Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fungal defensin plectasin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing
データ登録者Mygind, P.H. / Fischer, R.L. / Schnorr, K. / Hansen, M.T. / Sonksen, C.P. / Ludvigsen, S. / Raventos, D. / Buskov, S. / Christensen, B. / De Maria, L. ...Mygind, P.H. / Fischer, R.L. / Schnorr, K. / Hansen, M.T. / Sonksen, C.P. / Ludvigsen, S. / Raventos, D. / Buskov, S. / Christensen, B. / De Maria, L. / Taboureau, O. / Yaver, D. / Elvig-Jorgensen, S.G. / Sorensen, M.V. / Christensen, B.E. / Kjaerulf, S. / Frimodt-Moller, N. / Lehrer, R.I. / Zasloff, M. / Kristensen, H.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Plectasin is a peptide antibiotic with therapeutic potential from a saprophytic fungus.
著者: Mygind, P.H. / Fischer, R.L. / Schnorr, K.M. / Hansen, M.T. / Sonksen, C.P. / Ludvigsen, S. / Raventos, D. / Buskov, S. / Christensen, B. / De Maria, L. / Taboureau, O. / Yaver, D. / Elvig- ...著者: Mygind, P.H. / Fischer, R.L. / Schnorr, K.M. / Hansen, M.T. / Sonksen, C.P. / Ludvigsen, S. / Raventos, D. / Buskov, S. / Christensen, B. / De Maria, L. / Taboureau, O. / Yaver, D. / Elvig-Jorgensen, S.G. / Sorensen, M.V. / Christensen, B.E. / Kjaerulff, S. / Frimodt-Moller, N. / Lehrer, R.I. / Zasloff, M. / Kristensen, H.H.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_ensemble ...database_2 / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plectasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4151
ポリマ－4,4151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Plectasin


分子量: 4415.024 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 56-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q53I06
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121NOESY
131TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM Plectasin / 溶媒系: 30 mM acetic acid
試料状態イオン強度: 30mM / pH: 3.8 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNX2000.1Brunger, et. al.精密化
CNX2000.1Brunger, et. al.structure calculation
XwinNMRBruker Spectrospin解析
ProntoKjaer, M., Andersen, K.V., Poulsen, F.M.データ解析
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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