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万見
- PDB-1zdf: Ser162 mutant of glycogenin complexed with UDP-glucose and manganese -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zdf
タイトルSer162 mutant of glycogenin complexed with UDP-glucose and manganese
要素Glycogenin-1
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Glycogenin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Stout, S.L. / Miner, E. / Zhou, J. / Roach, P.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Requirements for catalysis in mammalian glycogenin.
著者: Hurley, T.D. / Stout, S. / Miner, E. / Zhou, J. / Roach, P.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The structure of the autocatalytic initiator of glycogen biosynthesis, glycogenin
著者: Gibbons, B.J. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.
履歴
登録2005年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02021年10月20日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2934
ポリマ－39,5761
非ポリマー7173
水1,820101
1
A: Glycogenin-1
ヘテロ分子

A: Glycogenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5878
ポリマ－79,1522
非ポリマー1,4356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.890, 105.380, 122.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

21A-450-

HOH

31A-504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycogenin-1


分子量: 39576.195 Da / 分子数: 1 / 変異: D162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: GYG, GYG1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: P13280, glycogenin glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: sodium MES, ammonium sulfate, PEG MME 5000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月20日
放射モノクロメーター: osmic confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→33 Å / Num. all: 14347 / Num. obs: 14237 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0.2 / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. measured obs: 1312 / Χ2: 1.034 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LL3

1ll3


解像度: 2.45→33 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 706 4.9 %random
Rwork0.199 ---
all0.251 14349 --
obs0.2 14072 98.1 %-
溶媒の処理Bsol: 20.612 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 40.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.612 Å20 Å20 Å2
2--5.079 Å20 Å2
3---11.533 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 39 101 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeightDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.15720
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.52920
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.252.50
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.param
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5upg.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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