PDB-1zd0: Crystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zd0

タイトル

Crystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein

要素

hypothetical protein PF0523

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein
著者: Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. / Bereton, P. / Izumi, M. / Jenny Jr., F.E. / Poole II, F.L. ...

履歴

登録	2005年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zd0.cif.gz	42.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zd0.ent.gz	31.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zd0_validation.pdf.gz	411.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zd0_full_validation.pdf.gz	412.2 KB	表示
XML形式データ	1zd0_validation.xml.gz	5.4 KB	表示
CIF形式データ	1zd0_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a1i-d 2rfr-d 1ak7-d 2m1b-d 6rh5-d 6ovf-1 1oqn-2 6hog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-542154-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein PF0523

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.460, 53.460, 85.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- HOH

#1: タンパク質	hypothetical protein PF0523 分子量: 16851.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0523 / プラスミド: pET24 DBAM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18976895, UniProt: Q8U3E5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.1	40.8
2
3

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	modified microbatch	7.7	Magnesium Acetate and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K
293	2	modified microbatch	7.7	Magnesium Acetate, Methanol, and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K
293	3	modified microbatch	7.7	Magnesium Acetate, Methanol, and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID		1	0.97
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007	2	2.29
回転陽極			RIGAKU FR-D	3	2.29

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2004年12月17日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2005年1月5日
RIGAKU RAXIS IV	3	IMAGE PLATE	2005年3月4日

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	2.29	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15870 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Χ²: 1.235

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	4.3	0.21	1344	1.161	85.1
1.76-1.83	6.8	0.191	1531	1.02	96.6
1.83-1.91	9.4	0.141	1599	1.074	99.9
1.91-2.02	10.6	0.101	1588	1.074	100
2.02-2.14	10.8	0.077	1613	1.183	100
2.14-2.31	10.8	0.06	1573	1.218	99.9
2.31-2.54	10.8	0.051	1618	1.252	100
2.54-2.91	10.7	0.046	1616	1.411	100
2.91-3.66	10.6	0.04	1643	1.533	100
3.66-50	9.8	0.036	1745	1.249	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.3 / 反射: 5262

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.52-20	0.28	297
5.54-8.52	0.33	456
4.38-5.54	0.35	575
3.74-4.38	0.32	642
3.31-3.74	0.29	727
3-3.31	0.32	800
2.77-3	0.3	855
2.58-2.77	0.26	910

Phasing dm

FOM : 0.54 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.46 / 反射: 5906 / Reflection acentric: 4908 / Reflection centric: 998

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.9-19.658	0.88	0.88	0.76	282	169	113
4.3-6.9	0.8	0.84	0.67	828	631	197
3.4-4.3	0.75	0.79	0.61	1000	812	188
3-3.4	0.61	0.65	0.39	985	829	156
2.6-3	0.43	0.46	0.24	1743	1517	226
2.4-2.6	0.18	0.19	0.11	1068	950	118

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.7→46.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 4.79 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ARP/WARP and MOLPROBITY were also used in the refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	797	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
all	0.205	-	-	-
obs	-	15838	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1074	0	20	93	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	1156	0.022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1557	1.966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	140	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	46.929	52	26.154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.45	234	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.471	4	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	192	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	815	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	587	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	821	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	88	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.027	1	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	62	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	15	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.981	738	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.47	1160	2
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.129	470	3
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.01	397	4.5

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	50	-
R_work	0.29	918	-
obs	-	-	82.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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