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- PDB-1zd0: Crystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zd0
タイトルCrystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein
要素hypothetical protein PF0523
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


PF0523-like / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHANOL / : / KEOPS complex subunit Cgi121
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. ...Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. / Bereton, P. / Izumi, M. / Jenny Jr., F.E. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Pfu-542154 conserved hypothetical protein
著者: Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. / Bereton, P. / Izumi, M. / Jenny Jr., F.E. / Poole II, F.L. ...著者: Habel, J.E. / Liu, Z.J. / Horanyi, P.S. / Florence, Q.J.T. / Tempel, W. / Zhou, W. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.H. / Bereton, P. / Izumi, M. / Jenny Jr., F.E. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2005年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PF0523
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,97218
ポリマ－16,8521
非ポリマー12017
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.460, 53.460, 85.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PF0523


分子量: 16851.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0523 / プラスミド: pET24 DBAM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18976895, UniProt: Q8U3E5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.140.8
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931modified microbatch7.7Magnesium Acetate and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K
2932modified microbatch7.7Magnesium Acetate, Methanol, and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K
2933modified microbatch7.7Magnesium Acetate, Methanol, and PEG 3350, pH 7.7, modified microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.97
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00722.29
回転陽極RIGAKU FR-D32.29
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年12月17日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2005年1月5日
RIGAKU RAXIS IV3IMAGE PLATE2005年3月4日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
22.291
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15870 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.235
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.764.30.2113441.16185.1
1.76-1.836.80.19115311.0296.6
1.83-1.919.40.14115991.07499.9
1.91-2.0210.60.10115881.074100
2.02-2.1410.80.07716131.183100
2.14-2.3110.80.0615731.21899.9
2.31-2.5410.80.05116181.252100
2.54-2.9110.70.04616161.411100
2.91-3.6610.60.0416431.533100
3.66-509.80.03617451.24999.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.3 / 反射: 5262
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.52-200.28297
5.54-8.520.33456
4.38-5.540.35575
3.74-4.380.32642
3.31-3.740.29727
3-3.310.32800
2.77-30.3855
2.58-2.770.26910
Phasing dmFOM : 0.54 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.46 / 反射: 5906 / Reflection acentric: 4908 / Reflection centric: 998
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.9-19.6580.880.880.76282169113
4.3-6.90.80.840.67828631197
3.4-4.30.750.790.611000812188
3-3.40.610.650.39985829156
2.6-30.430.460.2417431517226
2.4-2.60.180.190.111068950118

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.7→46.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.79 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ARP/WARP and MOLPROBITY were also used in the refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 797 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.205 ---
obs-15838 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 20 93 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01611560.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.42215571.966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.241405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.9295226.154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4523415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.471415
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.11920.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0068150.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2335870.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3048210.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.151880.2
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.02710.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.276620.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.114150.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9817381.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4711602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1294703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.013974.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 50 -
Rwork0.29 918 -
obs--82.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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