[日本語] English
万見
- PDB-1zbx: Crystal structure of a Orc1p-Sir1p complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zbx
タイトルCrystal structure of a Orc1p-Sir1p complex
要素
  • Origin recognition complex subunit 1
  • Regulatory protein SIR1
キーワードTRANSCRIPTION / protein-protein interaction / epigenetics / silencing / silent information regulators
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / chromatin silencing complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex ...CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / chromatin silencing complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / heterochromatin formation / nucleosome binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sir1, ORC-binding domain / ORC1-binding domain / Sir1, ORC-binding domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain ...Sir1, ORC-binding domain / ORC1-binding domain / Sir1, ORC-binding domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / SH3 type barrels. / Roll / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein SIR1 / Origin recognition complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / combination of SIRAS, 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Stillman, B. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural basis for origin recognition complex 1 protein-silence information regulator 1 protein interaction in epigenetic silencing
著者: Hsu, H.C. / Stillman, B. / Xu, R.M.
履歴
登録2005年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 1
B: Regulatory protein SIR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2132
ポリマ－42,2132
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.000, 137.210, 139.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex protein 120 kDa subunit


分子量: 25572.072 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORC1 / プラスミド: pMR101 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54784
#2: タンパク質 Regulatory protein SIR1 / Silent information regulator 1


分子量: 16641.311 Da / 分子数: 1 / 断片: Orc1p interaction domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SIR1 / プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21691
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: MES, NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9787, 0.9794, 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97941
31.11
反射解像度: 2.4→46.2 Å / Num. all: 26351 / Num. obs: 26351 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS1精密化
MADNESSデータ削減
精密化構造決定の手法: combination of SIRAS, 多波長異常分散, 分子置換
解像度: 2.5→46.2 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1790 7.5 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
all0.2202 22624 --
obs0.2202 22624 95.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 0 0 164 2774
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る