PDB-1zbh: 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zbh

タイトル

3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease

要素

3'-5' exonuclease ERI1
5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3'

キーワード

HYDROLASE/RNA / histone mRNA 3'-end-specific recognition / Structures of 3'-exonuclease and its RNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / exoribonuclease II / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Cheng, Y. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
著者: Cheng, Y. / Patel, D.J.

履歴

登録	2005年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zbh.cif.gz	233.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zbh.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)

登録構造単位

F: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3'

E: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3'

A: 3'-5' exonuclease ERI1

B: 3'-5' exonuclease ERI1

C: 3'-5' exonuclease ERI1

D: 3'-5' exonuclease ERI1

ヘテロ分子

153 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.386, 195.148, 87.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	C
1	3	D
2	3	A
1	4	F
2	4	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ARG	ARG	A	C	126 - 348	76 - 298
2	1	TYR	TYR	ARG	ARG	D	F	126 - 348	76 - 298
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	B	D	124 - 348	74 - 298
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	C	E	124 - 348	74 - 298
1	3	ASP	ASP	LEU	LEU	D	F	60 - 117	10 - 67
2	3	ASP	ASP	LEU	LEU	A	C	60 - 117	10 - 67
1	4	G	G	C	C	F	A	6 - 21	3 - 18
2	4	G	G	C	C	E	B	6 - 21	3 - 18

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: RNA鎖	5'-R(CPCPGPGPCPUPCPUPUPUPUPCPAPGPAPGPCPCPGPG)-3' 分子量: 6351.791 Da / 分子数: 2 / 断片: SL-RNA / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質	3'-5' exonuclease ERI1 / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3' end-specific exoribonuclease / Protein 3'hExo / HEXO 分子量: 34655.047 Da / 分子数: 4 / 断片: 3'hExo / Mutation: H293N, W213L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI1, 3'EXO / プラスミド: pGBO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q8IV48, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器	日付: 2004年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3→19.92 Å / Num. obs: 33770

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 36.108 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2597	3225	10 %	RANDOM
R_work	0.20922	-	-	-
obs	0.21426	29143	95.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.849 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.82 Å²	0 Å²	0.21 Å²
2-	-	-1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8354	666	100	18	9138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	9376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.094	2.085	12820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.747	5	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.104	24.646	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.15	15	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.477	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	6376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.174	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.147	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.5	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.309	2	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.318	3	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.533	4.5	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1810	medium positional	0.41	0.5
2	B	1824	medium positional	0.37	0.5
3	D	483	medium positional	0.3	0.5
4	F	333	medium positional	0.21	0.5
1	A	1810	medium thermal	0.11	2
2	B	1824	medium thermal	0.11	2
3	D	483	medium thermal	0.17	2
4	F	333	medium thermal	0.07	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	203	-
R_work	0.262	1902	-
obs	-	-	87.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1358	-2.8483	0.5384	6.836	-0.0013	2.438	-0.064	-0.2194	0.3653	0.3143	0.1521	-0.2838	0.0882	0.1272	-0.0881	-0.4072	0.0232	0.0194	-0.3177	-0.0863	-0.3301	10.1124	32.4199	31.5432
2	4.8588	1.0691	1.5386	5.0509	2.2264	3.3883	0.0979	-0.0332	0.0804	0.0216	-0.0497	-0.1785	0.0831	0.0349	-0.0482	-0.2949	0.0341	0.0492	-0.3698	-0.0698	-0.4549	28.7374	13.306	12.8723
3	4.6412	-1.7768	-1.8692	3.9285	1.721	3.0658	0.1679	0.0053	-0.1993	0.1437	-0.0988	-0.3969	-0.1825	0.0075	-0.0691	-0.346	0.0217	-0.0969	-0.3595	-0.1098	-0.3236	25.3313	-12.8081	73.6823
4	5.3401	3.3269	-0.0354	8.2321	0.4056	1.8729	-0.2065	0.4681	-0.5769	-0.7223	0.3237	-0.5189	-0.1519	0.0632	-0.1171	-0.3695	-0.0345	0.0338	-0.2913	-0.1084	-0.2911	6.5993	-32.6703	55.8138
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
6	9.7535	-2.373	2.5032	2.6458	-3.1867	3.8546	-0.4505	-1.3379	0.2594	1.7042	0.5119	1.3213	-1.1626	-0.8194	-0.0615	0.6499	0.4918	0.1722	0.5035	0.2411	0.0738	0.3917	22.4825	57.3387
7	1.7323	1.4573	1.1719	2.0591	-1.0334	5.6871	-0.2103	0.842	1.2787	-1.4876	0.2875	-0.5318	0.0217	0.3362	-0.0772	1.0533	-0.3919	0.4587	0.7977	0.1181	0.3416	13.8609	-15.7684	30.0193
8	1.7767	2.1653	-0.1623	3.6852	-4.434	17.1639	-0.1035	2.0222	-0.1479	-1.2243	-0.042	1.1821	0.3234	-0.0232	0.1455	1.0718	-0.1245	-0.0728	1.3436	0.0141	0.4224	-2.218	-25.3805	28.7309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	60 - 117	10 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	126 - 348	76 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	124 - 348	74 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	E	124 - 348	74 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	F	60 - 117	10 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	F	126 - 348	76 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	A	6 - 21	3 - 18
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	B	6 - 21	3 - 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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